全自动菌落计数器，由图像采集系统和菌落统计分析软件构成，具有菌落统计、典型菌筛选、菌株特征检测与描述等功能，适用于生物医药、检验检疫、疾病控制、质量监督、环境监测、食品卫生，以及大专院校、研究院所等领域中的微生物菌落分析和科学研究。
很多用户偏向于选择像素高的菌落计数器，却没考虑到检验和科研的实际应用需求，所以用户在选购前就要确定好自己要买多少像素的CCD传感器。
在选购菌落计数器时一定要选有具有数据及报表管理功能的设备，于由微生物的不可复检性，对于以往检验数据的管理和回溯极为重要，不然在实际开展工作时繁杂的统计数据和报表管理会耗尽科研人员的精力。
全自动菌落计数器的一个主要优点在于它降低了人工统计菌落的工作量，减轻了工作人员的工作强度，但由于菌落形态和样品状态的不确定性，市面上大多数菌落计数器都较为强调通过人工干预来提高准确度。用户在选购设备时应注意操作是否简便、是否符合工作人员的操作习惯和操作思路。一般来说，需要的人工干预越小，使用越简便。
