流动脱气一般是用于比表面快速分析的，它对于除去表面大量弱结合的吸附水非常好， 但对在孔道中吸附的水，只有经长时间吹扫使之扩散至表面，才能被带出。
真空脱气对于除去表面大量弱结合的吸附水是不好的, 因为水会在泵中扩散，导致泵的抽力下降。 但对孔中吸附的水,不需要经很长时间就能扩散至表面，继而被带出。所以，对于含水量较高的样品，应先在烘箱中烘烤过夜，再上真空脱气站，以保护真空泵。
对于真空脱气来说，其对样品清洁能力明显优于流动脱气，但同时需要考虑的是真空度不同，脱气效率是明显不同的。对于含有超微孔样品，深层次的吸附水分子因氢键结合可以堵塞孔道，它们必须经过分子泵脱气才能清除， 即脱气站真空度必须达到与分析站同样的真空度。
