自动菌落计数仪由图像采集系统和菌落统计分析软件构成，具有菌落统计、细胞统计*、抑菌圈分析*、噬菌斑筛选*、典型菌筛选、菌株特征检测与描述等功能，适⽤于⽣物医药、检验检疫、疾病控制、质量监督、环境监测、⻝品卫⽣，以及⼤专院校、研究院所等领域中的微⽣物菌落分析和科学研究。
自动菌落计数仪就是为了减轻工作人员工作强度的，在现今的高技术下，若还需要估算才能测出菌落数的话，应是比较落后了。可以是：能“不变应变”精准、稳定地傻瓜式操作的分析软件，其对于菌落形态和样品状态的不确定性，能够自动适应，以避免不断地调节菌落分割参数，其最多由对话交互来擦除那些个污染部分，即可。
