主要差别如下：
1、环保方面：
水性工业漆用水而不是有机溶剂作为油漆中的分散介质，使用时也是用水稀释，因而VOC排放量很低，从而减轻大气污染。这是目前要求油改水的主要动因。
另外，《危险废物名录》2016版中，将涂料生产和使用环节产生危险废物的条目中加入“不包括水性漆”的括号注释，即水性涂料生产和使用过程中产生的废物将不被直接被列为危险废物，而是须经鉴定后确定是不是危险废物。
需要提醍的是：水性工业漆中VOC量中低，但不是全部都没有。因而，VOC收集处理设施仍然是要上的。
2、安全方面：
水性工业漆不燃不爆，不是危险化学品。而油性工业漆大多属于危险化学品（3类易燃液体）。对危险化学品的运输和贮存都有很多严格要求，比如，必须由有资质的危险品运输企业和车辆运输，应贮存在甲类仓库。使用油性工业漆的场所（涂装车间）应属甲类车间等等。
3、性能方面：
虽然在一些严重腐蚀环境下（如浸渍环境、超长耐久性要求情况下等）使用水性工业漆涂层有一定风险。但对于大多数大气腐蚀环境下，在良好涂装工艺下，采用水性工业漆能够接近或达到原油性工业漆涂层所要求的性能。
4、成本方面：
视油漆品种不同，油漆材料费用会出现不同程度的上升。以环氧底漆+聚氨酯面漆的涂层体系为例，水性工业漆（环氧底漆和聚氨酯面漆）与油性工业漆相比，单价估计要上升50-。
但使用水性工业漆后，会省掉稀释剂费用，安全方面的投入和费用肯定降低，三废处理成本有可能会有所降低。
5、施工方面：
水性工业漆的施工工艺要求通常会比油性漆高，体现在以下几个方面：
1、对待涂表面除油程度要求更高；
2、对涂装环境条件（温湿度）要求高。如果没有除湿、强制通风和加温功能的喷漆房和流平室，在潮湿和冬季低温天气情况下是难以顺利使用水性工业漆的.
