原因1：配制流动相时细菌污染
首先我们要认识到，一般的国产甲醇其实不需要额外过滤处理，直接使用没有问题。即使是有些固态微粒杂质，也能在液相流路系统最前端的过滤头上排除，真正容易引起问题的，是水中的细菌。解决它的方法很简单，就是确保水的可靠性。这里有两种方式推荐：
（1）使用实验室专用纯水机，既方便又可靠，质量也放心。
（2） 成箱购买市售品牌纯净水，先随机抽取一支做一下细菌平板实验，待菌落数合格方可使用。
原因2：使用流动相时的细菌污染
流动相刚开始没有长菌，在使用时却产生了细菌污染。这主要是在使用多元液相色谱仪时的一种不良使用习惯造成的。举个简单的例子：50％的甲醇水流动相，有两种使用方式。一种方式是在上机前就配好混合在一起，另一种方式是在流路A放纯甲醇，流路B放纯水。
从单纯实验效果来说，后一种有明显的优点：首先是简单，不需要实验者另个计算配比混合，其次就是比例准确，能得到保留时间重复性较好的实验效果。
但是，它有一个致命的缺陷，就是纯水在流动相瓶中几天时间就会长细菌（很多情况下不仅仅用纯水作流动相，而是用缓冲盐溶液，本身就是优质肥料，细菌长得更迅速），一旦有细菌柱子就坏得很快。
所以，宁可牺牲小小的保留时间的重复性，也不要用纯水溶液作为流动相的一组。可用10％的甲醇水代替纯水溶液，这样可以有效排除长细菌的隐患，既可作流动相，也可冲柱。
原因3：不适当操作
常见问题有以下几种：
（1）在更换零件时选择的型号有误，接口不是很匹配，在拧紧的时候产生变形而使得管路堵塞。
（2）样品处理液净化得不干净，长期会在六通阀和柱之间形成阻塞不畅。
（3）在使用手动六通阀时，有些人可能由于手劲小的原因，转动的不到位，于是造成流路形成了死堵，压力快速升高超过警戒值。
（4）在使用金属管路作出废液管时，应当注意最好废液瓶中先放一些水，并把废液管的出口端放在液面下。如果位于在液相上且实验使用较高浓度的缓冲盐溶液，在停机时可能在出口端结晶成块并造成堵塞。这种情况不常见，但却的确发生过。
