水平送风超净工作台的原理是，在某一的空间中，室内空气先通过预过滤器初步过滤，再由小型离心风机压入静压箱，然后通过空气高效过滤器完成二次过滤，此时，从空气高效过滤器出风面吹出的洁净气流具有均匀的断面风速，可以将工作区域中的原始空气排除，并去除灰尘颗粒和生物颗粒，从而形成高度清洁和无菌的工作环境。空气被过滤器过滤以达到无菌状态，并被输送到操作空间以便在操作空间中形成相对正压。如果不打开风机，就不会有无菌的空气输送，操作空间也就无法达到无菌效果。
在超净工作台的使用过程中，需要通风。随着风机的转动，风通过高效过滤膜(无)进入，使操作台保持在无菌状态。超净工作台的功能是提供相对无菌的环境，其设计和实用原理有两种，一种是顶部或侧面无菌空气过滤装置，内部有几层无菌空气过滤器，吹出来的风是相对无菌的空气。由无菌空气过滤装置吹出的无菌空气确保了水平送风超净工作台的内部在操作过程中是相对无菌的。
然而，紫外线灯照射主要是在开始操作之前的准备工作，或是对要使用的设备和器械的表面进行消毒的方法，紫外线照射的灭菌效果基本上可以忽略不计。通常，在实验过程中不会同时打开风机和紫外线灯。只需先打开紫外线灯照射一段时间后，关闭紫外线灯，打开风扇机吹半小时左右，然后再开始实验。在实验过程中，风机应一直保持开启状态。
水平送风超净工作台面采用不锈钢制作，美观耐用，内角光滑，易于清洁。前窗、侧挡板可采用无色透明有机钢化玻璃。外壁可为不锈钢板或冷轧板高温烤漆处理，静电喷塑处理。
超净工作台面可采用一体式或分离式。分离式工作台面可从工作区中抽出，可避免工作时本位振动的传导。工作台面位置，可由电动液压装置，任意升降调节，适于操作者坐下或站立时操作。
水平送风超净工作台前、后可配有上下移门，即时定位灵活方便，较大限度避免外界气流对操作区内的干扰。为有效防止外部气流诱入及操作异味对人体的刺激，气流宜采用垂直流形，准闭合式台面，工作区中呈负压状态。气流循环可采用全循环式和非全循环式。可采用气幕式隔离设计，净化的气幕流经工作台面边缘，防止内外交叉污染。
