模拟蒸馏专用气相色谱是不同的物质在通过气相色谱柱时由于跟色谱柱上的固定相吸附力不同，而逐渐分离，然后通过检测器产生信号，再经过数据采集系统，生成一张谱图。然后根据保留时间的不同确定是何种物质。只是，气相色谱本身并没有定性的功能，主要是借助气象质谱仪来确定是何种物质，或者根据已经已知的气相色谱图来推断物质。
模拟蒸馏色谱柱使用时需要知道：
(1)如果仪器用来做仪器分析 ，样品种类有限，但分析次数多，则不妨为每一类常规分析配置一根专用柱，这样有助于延长柱子的寿命。
(2)避免压力和温度的急剧变化及任何机械震动。温度的突然变化或者使色谱柱从高处掉下都会影响柱内的填充状况;柱压的突然升高或降低也会冲动柱内填料，因此在调节流速时应该缓慢进行，在阀进样时阀的转动不能过缓。
(3)应逐渐改变溶剂的组成，特别是反相色谱中，不应直接从有机溶剂改变为全部是水，反之亦然。
(4)如使用柱温控制装置时，应注意在通人流动相后才能升温。
(5)选择使用适宜的流动相，以避免固定相被破坏。有时可以在进样器前面连接一个预柱，分析柱是键合硅胶时，预柱为硅胶，可使流动相在进入分析柱之前预先被硅胶“饱和”，避免分析柱中的硅胶基质被溶解。
(6)避免将基质复杂的样品尤其是生物样品直接注人柱内，需要对样品进行预处理或者在进样器和色谱柱之间连接一个保护柱。保护柱一般是填有相似固定相的短柱。保护柱可以而且应该经常更换。
