色谱原理上分类，离子色谱是液相色谱的一种，但由于离子色谱与普通高效液相色谱在结构和分析对象上有一些差异，一般作为均独立的一个色谱大类。离子色谱与高效液相色谱的差别主要从两个方面看，即仪器结构和应用范围。
1)在仪器结构方面离子色谱和高效液相色谱均有溶剂输送系统、进样系统、检测系统和信号记录和处理系统，但由于离子色谱和高效液相色谱所用的流动相不同，检测方式不同及信号处理的要求不同，在各部件上有一些差别。具体如下
A、离子色谱一般采用酸、碱及盐的水溶液作为流动相，因此通常离子色谱采用非金属材料作为整个系统材料，一般采用Peek塑料作为泵体、流路和阀体等要求耐高压的部分，而聚四氟乙烯材料作为检测器，外接管路等，要求系统可以耐酸、耐碱，但一般情况下全塑的材料由于加工和强度方面的差异，耐压强度和精度上比金属材料要略低一些。而高效液相色谱由于一般采用有机溶剂作淋洗液，因此多数还是采用金属泵体，可以耐任何类型的有机溶剂，但对于酸或碱的溶剂，使用易产生腐蚀现象。而随着高效液相色谱在生物领域的广泛应用，金属对一些生物活性化合有一定的吸附作用，一些在生物方面应用高效液相色谱也广泛采用了Peek材料作为泵体、流路和阀，使离子色谱和高效液相色谱具有了一定的通用性。
B、前述已经提到离子色谱又分为抑制型和非抑制型，而目前被广泛应用抑制型离子色谱，采用了抑制器，而普通高效液相色谱没有类似装置。抑制器的结构上与高效液相色谱的柱后衍生系统相似，但是抑制型离子色谱重要组件之一。非抑制型离子色谱不用抑制器，与高效液相色谱十分相似，一些非抑制型离子色谱基本上就是采用高效液相色谱的泵、流路和进样阀。
C、离子色谱与高效液相色谱另一差异就是检测器，一般情况下高效液相色谱采用紫外-可见光度检测器；而离子色谱*通用的是电导检测器。
2)离子色谱与高效液相色谱另一差异在于分析对象，高效液相色谱作为分析仪器中*广泛使用的一类仪器，在许多领域中被广泛应用，但一般情况下，采用高效液相色谱时，要求被测物具有一定光度吸收，因此高效液相色谱一般可以用于有机化合物的分析。而离子色谱主要利用离子在水溶液中电离产生电导的特点，因此离子色谱主要用于无机离子的分析。当然，离子色谱和高效液相色谱的应用并不是**的，目前离子色谱已经广泛用于有机化合物的分析，而高效液相色谱也可以解决大量无机离子的分析，两种具有互补性。有大量高效液相色谱无法解决分析难题，可以尝试用离子色谱的方法解决。
