分子生物中RNA 和 DNA 提取会常常遇到一些问题，下面小编就RNA 和 DNA 提取实验中的通常遇到的几个问题进行解析。
1.提取产量低
如果您遇到的 DNA/RNA 产量低于您对样品的预期，则需要考虑许多因素。通常，这是一个裂解问题。未裂解是产量低的主要原因。它也可能是由不正确的绑定条件引起的。确保使用新鲜的优质乙醇（100% 200 标准）稀释缓冲液或添加到结合的步骤。劣质乙醇或旧库存可能已经吸收了水分，并且浓度不正确。如果洗涤缓冲液制备不正确，您可能正在洗掉提取的 DNA 或 RNA。
2.提取低纯度
如果提取的 DNA 被蛋白质污染（低 260/280），那么您可能开始时样品过多，而蛋白质没有去除或溶解。
如果 DNA 的 260/230 比率不佳，则问题通常是结合或洗涤缓冲液中的盐分。确保使用最高质量的乙醇来制备洗涤缓冲液，如果问题仍然存在，请再次洗涤色谱柱。
与其他样品相比，一些样品含有更多的抑制剂。环境样品特别容易出现纯度问题，因为腐殖质在提取过程中会被溶解。
腐殖质的行为与 DNA 相似，很难从硅胶柱中去除。
3.DNA或RNA降解
降解是RNA制备中常常到的问题。因为在 RNA 提取过程中，样品储存不当或裂解效率低等情况都会导致降解。对于 DNA 提取，降解不是一个大问题，因为对于 PCR，DNA 可以被剪切并且工作正常，如果不希望有较多剪切的 DNA，可以使用弱裂解的方法。
PCR 净化时的注意事项
PCR 净化其实并不是 DNA 提取技术本身，但它是一种效率高且简单的技术，它只是添加高浓度的结合盐（通常每体积 PCR 反应 3-5 体积盐）和离心来过滤。
在实验过程中，PCR Clean-up 试剂盒出现故障也会导致整个实验功亏一篑。
因为在PCR 反应中有较多吸收 260 度紫外线的物质，比如：核苷酸、去污剂、盐和引物。所以，PCR 净化试剂盒经常无法正常工作可能是由于 PCR 反应失败所造一般成较难清理。
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