由于连续生产的需要，气相色谱通常操作24小时，因此很难有机会清洁和维护仪器。一旦有合适的机会，就需要根据通用型气相色谱仪操作的实际情况，尽可能地清洁和维护仪器的关键部件。
通用型气相色谱仪通常用于有机物的定量分析。仪器运行一段时间后，由于静电，仪器内部容易吸收更多灰尘；除了灰尘积聚外，电路板和电路板插座经常会吸附一些有机蒸汽；由于一些有机物的冰点较低，注入口经常会发现凝固的有机物，使用一段时间后，引水管道内径变薄，甚至被有机物堵塞；在使用过程中，TCD检测器很可能被有机物质污染；FID检测器长期用于有机物分析，在喷嘴或收集器位置处的有机物沉积物或在喷嘴或收集部分处的碳沉积物经常发生。
1、气相色谱仪电路板的维护和清洁
在气相色谱仪准备好进行维护之前，切断仪器电源。首先，使用仪表空气或氮气吹扫电路板和电路板插槽。吹扫时，使用软刷仔细清洁电路板和插槽的灰尘部分。在操作过程中尽可能戴手套，以防止静电或手上的汗渍影响电路板上的某些组件。吹扫后，仔细观察电路板的使用情况，看印刷电路板或电子元件是否明显腐蚀。电路板上被有机物污染的电子元件和印刷电路应小心地用浸有酒精的吸水棉擦拭，电路板的接口和插槽也应擦拭。
2、气相色谱仪内部吹扫和清洗
通用型气相色谱仪关闭后，打开仪器的侧面板和后面板，用仪器空气或氮气吹扫仪器内部的灰尘，并使用软刷处理灰尘较多或不易吹扫的地方。吹扫后，在仪器内部有有机物污染的地方，用水或有机溶剂擦洗。首先用水擦拭水溶性有机物，无法清洁的地方用有机溶剂处理。清洁非水溶性有机物或可能与水发生反应的有机物与非反应性有机溶剂，如甲苯、丙酮、四氯化碳等。注意，在擦拭仪器的过程中，仪器表面或其他部件不会受到腐蚀或二次污染。
