按照正确的照明方法可获得对样品的最佳观察效果，并可以优化图像采集和数据分析。
一、汞灯
汞灯直接安装在显微镜上的灯箱内，在共聚焦显微镜等系统上也可以通过光导管输出。为了尽可能延长光源寿命周期，建议可以尝试以下4个操作惯例：
1、减少开关灯频率：
如果只是临时离开房间请不要关闭光源，频繁开关会缩短灯泡使用寿命。部分汞灯的电源具备避免频繁开关的冷却等待功能，但是也要牢记避免频繁开关灯可以帮助您延长灯泡的使用寿命。
2、灯泡较新：
汞灯的亮度在使用70小时后就会下降。到使用200小时的时候可以看出亮度明显降低。请根据额定寿命（200或300小时）更换灯泡。
3、对准灯泡：
对准才能获得均匀的视场照明。请参照您的用户手册对灯箱进行调整。检查灯泡是否对准的简单方法就是在显微镜载物台上放置一张白色纸卡片（使用奥林巴斯销售代表的名片效果就很不错）。
4、手边有备件：
务必至少有一个备件，以防灯泡出现故障。有时候旧的汞灯泡会突然停止发光，如果您正要拍图，手边没有灯泡就会面临窘境。请务必按照制造商的说明更换灯泡（通常在200或300小时后，具体时间取决于灯泡），并将旧灯泡作为含汞危险废弃物进行处理。
二、汞和金属卤化物灯
汞和金属卤化物灯系统使用的是含汞的预居中长寿命金属卤化物灯泡。这类灯泡通常可以使用2,000个小时，并预先居中安装在主电源装置中。
这类光源在起初1000个小时内能够保持相对稳定的输出，随着使用时间增加亮度就会开始下降。光谱输出以及更换说明请查阅制造商的有关技术信息。
液体光导管会随着使用而发生质量退化，在使用4000到6000小时之后效率大幅度降低。如果主电源装置带有内置光闸，请使用这个光闸而非显微镜上的光闸遮挡激发光。这样可以更长久地维持液体光导管效率。
三、LED光源
汞的荧光光源升级到发光二极管（LED）光源对提高显微镜性能和维护便利性方面有以下好处，包括：
1、光谱峰值比汞灯更多更亮
（1）随时开/关，无需预热
（2）极长使用寿命（20,000小时或更长时间）
（3）无需采购或对准灯泡（超赞！）
（4）能耗低且不含汞，非常环保
2、大部分的LED光源在488、568和647等关键波长处产生的峰值光谱输出比汞灯更亮。不同型号可以提供3至16个独立快速切换的激发波长。
3、LED光源可以通过手动控制器关闭波长，也可以通过PC计算机/软件中的USB或晶TTL信号触发。那些能够提供单独触发波长的光源特别适合将旧款手动显微镜升级为自动多通道荧光（使用多通道滤色片镜组）显微镜。为活细胞时间序列成像系统。
4、LED系统无需对准且无需更换灯泡，因此更加方便管理。
