发酵工程培养基主要使用发酵培养基：
发酵培养基是指为了在生产中更加利于菌种代谢产物的生成而设计的培养基，这类培养基常见的主要有以下几种：
SOB（Super Optimal Broth）培养基：是一种富营养培养基，其配方为：2% 胰蛋白胨,0.5% 酵母提取物,10mM NaCl,2.5mM KCl,10mM MgCl2,10mM MgSO4。与LB培养基相比，SOB培养基中含有两倍多的蛋白胨，富含更多的氨基酸及多肽。此外，SOB培养基中含有镁离子，镁离子是高密度培养必须的离子。利用SOB培养基培养大肠杆菌在普通条件（250rpm）下摇瓶培养，菌浓可达到OD600 3-5左右，如果提高转速到350rpm，OD600最高能够达到10-15。此外，大肠杆菌在SOB培养基中具有更高的转化效率，因此SOB培养基常被用来制备感受态细胞。
SOC（Super Optimal broth with Catabolite repression）培养基：在SOB的基础上添加终浓度20Mm的葡萄糖即为SOC培养基，其配方为：2% 胰蛋白胨,0.5% 酵母提取物,10mM NaCl,2.5mM KCl,10mM MgCl2,10mM MgSO4，20mM葡萄糖。培养基中的葡萄糖充当分解代谢抑制物。一般来说，大肠杆菌倾向于以葡萄糖作为碳源，培养基中由于葡萄糖的存在，其它碳源的分解就会被抑制。由于葡萄糖的存在，乳糖不会被代谢，乳糖操纵子被抑制，外源基因不会发生表达，减少了外源基因表达给细胞生长带来的压力。因此，利用SOC培养基进行转化反应时，热激后细胞生长的速率会比LB培养基中高出很多。
2x YT （Yeast extract and Tryptone）培养基：是一种比LB培养基营养更为丰富的培养基，配方为：1.6% 胰蛋白胨,1% 酵母提取物,0.5% NaCl。与LB培养基成分相比，2x YT培养基中包含有更多的的酵母提取物和胰蛋白胨，营养更加丰富，细胞可以生长更长的时间，菌体浓度更高。2x YT培养基主要用来进行大肠杆菌以及像是M13这样的细菌噬菌体的培养。
TB（Terrific Broth）培养基：是一种添加了磷酸盐的复合型培养基，配方如下：2 % 胰蛋白胨,2.4%酵母提取物,72mM K2HPO4,17mM KH2PO4,0.4% glycerol。与LB培养基相比，TB培养基中除了多出20%的胰蛋白胨和380 %的酵母提取物以外，还多了 0.4%的甘油作为额外的碳源。这些元素能够支持大肠杆菌在正常的摇瓶培养条件下达到更高的菌体密度，其OD600可达5–8。该培养基通常用于蛋白质表达和质粒提取。
SB （Super Broth）培养基：其配方为：3.2% 胰蛋白胨,2% 酵母提取物,0.5% NaCl。与LB培养基相比，SB培养基成分中多出了220%的胰蛋白胨和380%的酵母提取物。该培养基的蛋白胨和酵母提取物中包含的主要营养元素远远超过细胞生长达到饱和时所需的量。该培养基主要用于质粒以及蛋白质的提取。
M9培养培养基：低盐(M9)培养基含有必需盐和氮，传统上由葡萄糖、氨基酸和维生素作为补充物。M9培养基适用于大肠杆菌菌株的非选择性培养，用于克隆、生产DNA、质粒DNA和重组蛋白。如果添加适当的抗生素，它也适用于选择性培养带有抗生素抗性的菌株。
GYT培养基：是一种可以用于各种细菌培养的培养基,是分子生物学常规试剂，主要由胰蛋白陈、酵母提取物、甘油等组成。
MBL培养基：是一种以葡萄糖、蛋白胨、酵母粉、KH2PO4、KHPO4、(NH4)2HPO4、MgSO4为主要成分的发酵培养基。
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