激光共聚焦显微镜和扫描电镜都是点源逐点扫描成像，通过控制扫描驱动范围，调节放大倍数。激光共聚焦显微镜是通过激光扫描的方式工作，可以获得三维图像。扫描电镜是利用细聚焦电子束在样品表面扫描时激发出来的各种物理信号来调制成像的，只能得到二维图像，不能得到三维图像。
激光共聚焦显微镜利用激光束经照明针孔形成点光源对标本内焦平面的每一点扫描，标本上的被照射点，在探测针孔处成像，由探测针孔后的光点倍增管或冷电耦器件逐点或逐线接收，迅速在计算机监视器屏幕上形成荧光图像。
照明针孔与探测针孔相对于物镜焦平面是共轭的，焦平面上的点同时聚焦于照明针孔和发射针孔，焦平面以外的点不会在探测针孔处成像，这样得到的共聚焦图像是标本的光学横断面，克服了普通显微镜图像模糊的缺点。
优点：
1、以激光为光源，在相应的荧光探针标记后，对样本进行逐点扫描，逐层获得二维光学横断面图像，具有“细胞CT”的功能，并可通过计算机三维重建软件支持，获得三维图像，并可以任意角度旋转，观察细胞，组织立体形态和空间关系;
2、可对细胞膜的流动性，细胞间通讯，细胞融合，细胞骨架弹性测量等，这一技术可以对活细胞和组织进行原位动态定量的观察和测量。
3、可以对活细胞和组织进行无损伤的观察，动态测量细胞内的Ca离子浓度和pH值等活细胞生理信息。 
