液相色谱-质谱联用(LC-MS)与液相-串联质谱(LC-MS-MS)都是实验室精密的检测仪器，二者非常相似，但也有很大的区别，今天将这两个进行对比，分析两者的区别与联系。
LC-MS可以通过采集质谱得到总离子色谱图。由于电喷雾是一种软电离源,通常很少或没有碎片,谱图中只有准分子离子，因而只能提供未知化合物的分子量信息，不能提供结构信息。很难用来做定性分析，可以用来定量分析。但单级MS如果不用软电离源，而是EI之类的话，就有碎片峰，可以提供分子结构信息。
LC-MS/MS采用串联质谱，既能得到分子离子峰，又有碎片离子峰，因而可以用来进行定性和定量分析。
一个基本相似之处是：他们的应用领域都适用于液相适用的领域。
质谱的突出特点是：它本身是有质量信息的，是可以靠这个质量信息定性或提供定性的一些依据的(还需要其它的一些定性仪器)。其次，质谱本身也有一个分离作用，就是按照质量的分离，如果液相分离了一次，那LC-MS就分离了两次，而LC-MS/MS就分离了三次，LC-MS3就分离了四次....(3级以上是离子阱质谱的特点)。
LC-MS和LC-MS/MS(或MSn)的区别是：
如果你关心的结果是你样品中的主成分，而且是你已经知道的目标物，比如质控、有机合成后看一下纯品、部分的农药全分析工作、药物合成中前导化合物的指导(合成一锅就打一针看看合成得对不对)等等，都可以用LC-MS。因为它很便宜，操作也很简单。即使有些东西液相没分开，但只要你关心的是主成分，影响都不大。通过调整一下液相条件，或做完扫描图直接看提取离子图，或做SIM都可以。这些领域用LC-MS/MS是大材小用，花这么多钱是浪费。
而如果你关心的结果是：
(1)未知的东西，打一针LC-MS无法定性，需要更多的碎片信息;
(2)是混合物中的痕量成分。
那须用LC-MS/MS：LC-MS/MS可以给出需要更多的碎片信息，帮助你来定性;LC-MS/MS可以降低背景噪音，让痕量组分的谱图不受丰量物质的干扰;LC-MS/MS可以降低很多背景噪音，使你的化合物的灵敏度大幅提高，定量结果变好。
做定量分析选LC-MS还是LC-MS/MS？
质谱定量分析，使用的一般是LC-MS/MS,不使用LC-MS, 看一下质荷比，推测下分子量。LC-MS中UV可以用来定量，但是在有紫外吸收的干扰峰的时候，定量是不准的。LC-MS/MS使用母离子/子离子来进行定量，相对来说，干扰要少的多，也比较准确，在PK/TK的应用很广泛。
质谱定量中已经被广泛接受的方式是MS/MS定量。这种定量常通过三级四极杆或离子阱质谱实现。
要求使用MS/MS的原因是：许多化合物有同样的质量。当使用第①个维度即单级质谱MS去定量时，也会缺乏特异性，尤其是对于像血液那样的复杂的基质。第二个维度的MS(即MS/MS)在大多数情况下，能够提供唯①的断裂。合并特异的母离子质量和唯①的碎片离子信息，可以选择性地监测被定量的化合物。
