在LED前，荧光蛋白激发光源常用光源为100w的高压汞灯（高强度紫外线灯），在LED激发光源普遍后，就成为荧光蛋白激发光源的主要光源。LED发射的单色光位于相对较窄的光谱带中，半高宽约为10nm-40nm，相对于高压汞灯，LED激发光源有几个重要优势：
1）额定使用寿命可达五万小时以上，远远超过其他光源；
2）整个额定使用寿命期间，其输出强度保持相对稳定，确保激发；
3）LED启动和关闭时间短，即开即用，不需要预热；
4）LED光效高，且亮度连续可调；
5）体积小、轻便，且为冷光源，弥补汞灯的大功率、发热、使用复杂灯问题，大大的降低了荧光蛋白激发光源使用成本并提高荧光蛋白激发光源操作的简便性。
对于荧光蛋白激发光源来说，尤其是单色激发的荧光蛋白激发光源，LED具有非常大的吸引力，例如B波段激发的荧光探针FLTC/GFP标记的样板，在蓝光LED激发下了可以获得非常好的图像，而广泛应用于免疫荧光检测领域。多波段LED光源可选，并可控制每一个LED的亮度，可以实现多波长的选择激发，便捷。荧光色：365nm紫光；395nm纯蓝；455nm蓝绿色；505nm绿色:；530nm纯绿色；590nm黄色；630nm红色。
