内毒素为细菌外膜的特征性组成成分，对于细菌外膜的结构与功能起着十分重要的作用，这里我们仅简述一下内毒素与磷脂分子在结构上的差别。
（1）内毒素的类脂A部分在D-氨基葡萄糖骨架上联结6~7个脂肪酰残基，而一般的磷脂仅联结有两个脂肪酸。
（2）一般的磷脂其脂酰基可为饱和或不饱和脂肪酸，而类脂A含饱和或3-羟基脂肪酸，后者中的羟基可被饱和脂肪酸进一步酰化而形成3-脂酰基脂肪酸，这是内毒素（类脂A）的*成分。
（3）内毒素在类脂A分子上的磷酸基团及核心中的KDO成分可携带多量的负电荷，因而内毒素与阳离子可发生强烈的相互作用。因此阳离子的存在对于内毒素的物理特性及生物学功能可发挥显著的影响。
（4）许多革兰氏阴性菌突变株可产生不完-全的内毒素结构，如rfb突变产生Ra型内毒素，这种内毒素仅含有完整的核心及类脂A分子，但缺失O-特异多糖链；rfaC突变株则产生Re型内毒素，这种内毒素分子仅含有类脂A及2~3个分子的KDO，大部分的核心成分及O-特异性多糖侧链均缺失。
