菌落计数仪是一款速度快、功能强大的菌落自动化操作工作站，广泛应用于大规模的微生物功能基因组研究或化学基因组研究。
一般采用成像分析法实现自动计数，即由成像硬件，分析软件组成，成像硬件用于获得清晰有效的菌落图像，以便分析计数。成像速度快，分析软件能够自动校正背景、将严重粘连在一起的团装、链状分布菌落自动分割开来；能自动识别菌落计数分类以及对抗生素效价分析、药敏分析功能等。
菌落计数仪的使用方法：
1、将电源插头插入220V电源插座内。将探笔插入仪器上的探笔插孔内。
2、将电源开关拨向开，计数池内灯亮。同时显示窗内显示明亮的，表示允许进行计数。
3、将待检的培养皿底朝上放入计数池内。用探笔在培养皿底面对所有的菌落逐个点数。此时，菌落处被标上颜色，显示窗内数字自动累加。
4、用放大镜仔细检查，确认点数无遗漏，计数即已完毕。
5、显示窗内的数字即为该培养皿内的菌落数。
6、记录数字后取出培养皿。按复按钮，显示恢复，为另一培养皿的计数做好准备。
