在样品提取和注射的前后，气路模块处于待机状态。在此期间，载气流经流量控制器，传输管线，然后进入气相色谱，这就是所谓的载气流路。载气还会流经加压阀、限流器、样品环和取样针，这就是所谓的加压流路。
取样针刺穿样品隔垫，样品环的容量即是进入到气相系统的顶空体积，通常为1或者3毫升，当需要将样品加入到样品环时，加压阀打开，放入加压气体，然后放空阀会打开，使样品瓶顶部空间的加压气体回流充满样品环，接着进样阀打开，切换到载气流路，载气会把样品吹入传输管线，并最终进入气相色谱系统。
注意事项：
1、由于进入顶空的载气同时进入GC，所以用于顶空的气体也应净化。
2、顶空瓶加热温度，定量管温度，传输线温度应由小到大，传输线小于等于进样口的温度。
3、应用顶空时，GC气体总流量应是顶空的气流加上GC气流量，计算分流比时应注意。可以用流量计测量后计算。
4、时间设置中，样品充满定量管的时间应充分，定量管的平衡时间不应太长，进样的时间应足够长。
5、顶空进样器的压力调节如果是手动的话，建完方法后应记录样品加压和载气压力值，以免由于阀状态的变化引起压力变化。
