水中总磷测定的影响因素在日常监测过程中，由于检测方法对颗粒物和浊、色度及其他干扰物质的敏感性，水样采集与保存、样品前处理、消解方式及各类干扰去除等各环节均容易产生干扰，进而影响测定的准确性。
1. 样品的采集与保存
由于磷类物质在水中容易被砂石及胶体等吸附，其在自然水体中一直处于不断吸附解析的变化状态，且检测所采用的分光光度法对受水中颗粒物质及胶体的影响很大，因此样品的采集中对具体操作步骤及方法等对后续测定有很大影响。对于现场采集及保存条件等，自然沉降时间、酸化及温度影响较大。在实际的监测工作过程中，由于操作上的差异，样品的采集与保存对监测结果的影响相当大，这也是造成许多对比监测结果差异较大的来源之一。
2.样品的消解
总磷的测定需经过水样的消解，常用的方法主要有高压消解、电热消解、沸水浴消解、在线消解等，消解试剂常用过硫酸钾、硝酸-高氯酸、过氧化氢等。现行的标准方法主要采用高压消解或在线消解的方式，高压消解操作较为繁琐且具有一定危险性，而在线消解需要配套专用设备，价格较为昂贵。目前，适用于水中总磷消解的消解方式较多，配合合适的消解试剂后，基本上都可以达到消解效果。部分传统方法操作复杂耗时且存在一些安全隐患；而新方法需要针对不同试剂及水体进行条件优化才能保证消解完毕。
3.色、浊度去除
分光光度法的技术特点，决定了总磷检测过程中色度及浊度容易成为一个重要的干扰因素。由于自然水体在流动及沉积过程中易含有大量泥沙、胶体、微生物，会给测定过程带来色、浊度影响，因此在最大限度地去除色度及浊度的同时保证测定的准确度是研究的热点，同时也是难点。自然沉降后仍浑浊的样品应先经过过滤或离心处理后消解。现行标准方法主要采用对消解液添加浊度-色度补偿液的方式。
实际工作中，色、浊度的去除方法主要有补偿、扣除空白、过滤、离心、透析、稀释等。其中补偿法需专门配制补偿溶液，由于其与天然水体成分不尽相同，对不同色、浊度的水体需配制不同类型补偿液，费时且效果一般；过滤法较为简单，但滤纸本身含磷，容易产生影响，操作过程也需控制温度及淋洗体积等条件，同时由于滤纸孔径不一，对某些颗粒物及胶体去除效果不明显；空白扣除法需在测定过程中额外处理一组空白溶液，处理较为繁琐且费时；透析法主要作为流动分析的前处理手段，其运行成本较高且需要专用仪器；消解液稀释的过程容易引入测量误差；而离心法及滤膜法操作则较为快捷简便，去除浊、色度干扰物的效果也较好，在大部分情况下可有效缩短检测周期并保证检测质量。
4. 显色条件
磷钼杂多酸在酸性条件下的还原显色过程是测定磷含量的关键步骤之一，对此步骤的优化也得到了各位研究者的关注。总磷测定的显色过程对于酸度、温度及时间等条件较为敏感，因此选择合适稳定且快速的反应条件并保持全过程条件的一致，才能有效地保证样品的检测质量。
5. 其他因素
总磷测定过程中还存在其他一些容易影响分析结果的因素。磷钼蓝络合物的强吸附能力导致实验用的玻璃器皿及比色皿必须充分酸泡，否则容易产生干扰；大多数玻璃器皿是含有少量碱金属的硼硅酸盐，显色时会生产痕量硅钼蓝，容易引入正误差；滤纸本底对测定有一定影响，进而提出纯水清洗滤纸的方法。因此，对检测的整体质量控制在一定程度上也会影响最终的测定结果，对于关键的耗材及操作步骤，检测之前做好相关验证及质量保证措施是十分必要的。
