毛细管电泳（Capillaryelectrophoresis，CE），通常选用内径为20-100μm的熔融石英毛细管作为分离通道，在毛细管两端施加高的直流电压提供驱动力，是一种根据样品中各组分迁移率的不同而使样品实现分离的分析技术。毛细管电泳为从无机离子到大分子聚合物或蛋白质等带电荷物质提供了高效和高分离度快速分离，可以轻松实现用液相色谱通常很难完成的分离，同时还能采用不同的分离机理提供基于化合物在电场中淌度（质量/电荷）的额外正交数据。
毛细管电泳的分类：
1.按分离模式划分：
毛细管电泳根据分离模式不同可以归结出多种不同类型的毛细管电泳，见表1。毛细管电泳的多种分离模式，给样品分离提供了不同的选择机会，这对复杂样品的分离分析是非常重要的。
2.按操作方式划分：
毛细管电泳可以按操作方式重新分为手动、半自动及全自动型毛细管电泳。
3. 按分离通道形状划分：
按分离通道形状分为圆形、扁形、方形毛细管电泳等。
4. 按缓冲液的介质划分;
根据配制缓冲液的介质的不同，可以把CE分为水相毛细管电泳和非水毛细管电泳
