数码显微镜是使用传统的光学显微镜的变形光学和数字照相机输出的图像的监视器，有时由一个上运行的软件来计算机。数码显微镜通常有自己的内置LED光源，与光学显微镜的不同之处在于没有通过目镜直接观察样品的规定。由于图像聚焦在数字电路上，因此整个系统是针对监视器图像而设计的。省略了人眼的光学元件。那么我们应该怎么操作使用数码显微镜呢？
1、取镜：右手握住镜臂，左手平托镜座，保持镜体直立。（特别要禁止单手提着显微镜走，防止目镜从镜筒中滑脱）。
2、安放：放置桌边时动作要轻。一般应在身体的前方，（略偏左），镜筒向前，镜臂向后，距桌边7～10 ㎝处，以便观察和防止掉落。安放目镜。
3、对光：升—转—看—调。
①转动粗准焦螺旋，使镜筒上升约2厘米。
②转动转换器（转动转换器的转动板，不要用手直接推物镜），使低倍物镜对准通光孔(物镜的前端与载物台要保持2厘米的距离)。把一个较大的光圈对准通光孔。左眼注视目镜内(右眼睁开，便于以后 同时画图)。转动反光镜，使光线通过通光孔反射到镜筒内。通过目镜，可以看到白亮的视野。光线强时，（用平面镜、小光圈）光线弱时，（用凹面镜、大光圈）
③观察：放—压—降—看—升—调。把印有“e” 字的玻片标本放在载物台上，使要观察的物像正对通光孔，玻片两端用压片夹压住。然后从侧面看着物镜，转动（粗准焦螺旋）使镜筒慢慢下降，直至物镜接近玻片为止(此时眼睛一定要看着物镜）。用（左眼）在目镜中观察，右眼睁开，反向转动（粗准焦螺旋）使镜筒缓缓上升，直至看清物像为止。
4、收镜
①观察完毕，先提升镜筒，取下玻片标本。
②用纱布将显微镜外表擦拭干净，用擦镜纸将目镜和物镜擦拭干净。
③转动转换器，使两个物镜伸向前方，将镜筒缓慢降至最低。
④将反光镜放在直立的位置。
⑤将显微镜放回原处。
