非特异性扩增，即进行 PCR 所扩增出来的条带不是所要的，引物与模板在非目的条带处有错配，导致延伸产物不是目的条带。例如引物二聚体，即引物在退火过程中产生了 hairpin 结构或其他二级结构，或者引物在模板的某些位置非特异性地结合，也同样会产生非特异性扩增。PCR 产物都是通过引物延伸产生的。当引物产生了二聚体或者非特异性扩增产物之后，引物本身就无法再延伸形成 PCR 产物了，这样的情况下，非特异性扩增产物越是多，那目的产物就越是少。如果在 qPCR 过程中，就会在熔解曲线中形成双峰。
消灭 PCR 非特异性扩增的方法：
１、引物设计的过程中要用 Primer premier 5.0 来验证一下二聚体；
2、 引物合成后，先做一次梯度 PCR，检测最合适的退火温度，一般高退火温度可以提高引 物对模板的特异性从而降低引物二聚体；
3、 降低 Mg2+浓度，镁离子浓度高，会导致大量的非特异性扩增，但是没有镁离子的话，也会导致 Taq 酶的失活；
4、降低 dNTP 浓度，dNTP 也是非特异性扩增的一个罪魁祸首，降低它的浓度，也能有效降低二聚体及其他非特异性扩增；
5、降低引物浓度，一般的 PCR 引物都是过量的，降低了引物浓度自然也能降低引物之间形成二级结构的可能性；
6、提高退火温度，这个道理很简单，引物的退火温度提高，引物间的二级结构形成可能性就会降低；
7、延长退火时间，这个也可以减弱引物间结合的可能性；
8、DMSO 及甜菜碱，这些 PCR 促进剂，主要是用于 CG 含量高的模板上，降低 DNA 的二级结构的产生，但根据经验，加入 DMSO 之后需要同时提高一点退火温度来补平（qPCR 不太适用）；
9、热启动法，通过 95℃的高温热启动，高温解链，使得引物间的二级结构破坏，以此降低二聚体产生。
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