电子光学显微镜有很多种分类方式：按应用目镜的数量可分为双目和单目显微镜；按图象是否存在层次感可分为立体视觉与非立体视觉显微镜；按观查对像可分为微生物和金相分析显微镜等；按成像原理可分为偏光镜、相映和物位干预比照显微镜等；按光源类型可分为一般光、莹光、紫外线、红外线和激光器显微镜等；按信号接收器种类可分为看着、数码科技(拍摄)显微镜等。常见的显微镜有双目体视显微镜、金相显微镜、偏光显微镜、荧光显微镜等。
1. 体视显微镜
体视显微镜又被称为"实体线显微镜"或"解剖学镜"，是一种具有就像层次感地看着仪器设备。在生物、医疗领域广泛运用于切片操作和显微外科手术；在工业生产中用以细微零件和集成电路芯片的观察、安装、检测等工作中。其具有如下所示特性：
(1)充分利用双通道内存激光光路，双眼物镜里的左右两个光线没有平行面，反而是具有一定的交角--体角度(一般为12度--15度)，为上下双眼给予一个具有层次感的影像。它实际上就是2个单物镜显微镜并排摆放，俩个物镜的主轴组成等同于人们常用双眼观查一个物体时所产生的角度，为此产生三维空间的立体视觉图象。
(2)像是站立的，有利于操作控制解剖学，这是因为在目镜下方三棱镜把象反转来的原因。
(3)尽管放大率比不上基本显微镜，但是其工作距离较长。
(4)相对孔径大，有利于观查被检一个物体全层。
(5)视场角孔径大。
现阶段体后视镜的光学结构是：由一个共享的初中级物镜，对物件成像后两光线被2组正中间物镜----调焦镜分离，合为一体角度再经过各自目镜成像，它倍数转变是通过更改正中间镜组间的距离而得到的，因而也称为"持续变倍体视显微镜"(Zoom-stereo microscope)。伴随着运用的规定，现阶段体后视镜可选装丰富多彩的挑选配件，如莹光，拍照，摄象，冷光灯等。
2. 金相分析显微镜
金相显微镜是专门用来观查金属和矿物质忍不透明物体合金成分的显微镜。这种不透明物体不能在普通透射光显微镜中观查，故金相和一般显微镜的重要区别就在于前面一种以折射光，后者以透射光照明灯具。在金相分析显微镜中照明灯具光线从物镜方位射入被位置与方向表层，被物面散射后再回到物镜显像。这类反射面设计形式也广泛运用于集成电路芯片单晶硅片的检测工作中。
