柱前衍生是在经过分析柱前使分析物与衍生剂反应，反应产物在分析柱上实现分离，实际分离的是衍生产物，检测的也是衍生产物；柱后衍生是分离物在分析柱中实现分离后，在衍生池内与衍生剂反应，在柱子中分离的是目的物，在检测器处检测的衍生产物。
柱前衍生优点是，对设备要求不高，可以手工衍生，而且对衍生时间要求相对宽泛。缺点是，引入了过多的物质，如：衍生剂、衍生产物(当然这个是检测需要的)和衍生副产物，对柱子有潜在的负面影响，另如采用手工衍生也会引入过多的认为因素。
柱后衍生优点是，重现性好，认为因素少，引入物质比较少。缺点是，可能有扩散问题，在柱子中分离结束后，就存在扩散，如果衍生慢(必然流速低)、管路长扩散问题就会比较严重，再有就是要求有一套外源的泵系统和一个检测池，对于设备要求较高。
柱后衍生又称柱后反应，利用衍生反应使被测物与相应的试剂分析反应，以改变其物理或化学性质，使其被检测到。
柱后衍生系统的注意事项：
1、保持流动相和贮液器的清洁，并定期清洗；
2、流动相（水应为纯水和色谱纯试剂）并经过滤脱气；
3、启动时流量要由小渐大，避免压力的骤然升；
4、应使用液相进样针，并经常冲洗进样阀；
5、保持检测器的清洁，每次分析完后连同柱子一道冲洗，用缓冲盐作流动相时，必须用水冲洗干净，再逐步过渡到有机溶剂；
6、色谱柱必须保存在有机溶剂中；
7、上机样品必须经过滤处理；
8、系统长期关闭情况下HPLC泵和柱后衍生系统泵均需用水/甲醇混合液至少冲洗系统30min，再保存到纯甲醇里。
