冰箱是实验室保存试剂和样品常用的仪器。最常使用的有：4℃、-20℃冰箱和-80℃超低温冰箱。不同试剂的保存条件不同，应确保将放置在恰当的温度下保存。
具体来说，不同温度下保存的物品如下：
1）4℃适合储存某些溶液、试剂、药品等。
2）-20℃适用于某些试剂、药品、酶、血清、配好的抗生素和DNA、蛋白质样品等。
3）-80℃适合某些长期低温保存的样品、大肠杆菌菌种、纯化的样品、特殊的低温处理消化液，感受态等的保存。
4）0-10℃的层析冷柜适合低温条件下的电泳、层析、透析等实验。
分子生物学实验中感受态细胞的制备需要液氮处理。感受态的保存也可以存于 液氮中。
在分子生物学试验中，有很多反应都是在特定温度下进行的，这时就需要一个控温的装置。例如：用于细菌的平板培养，通常设定为37℃于培养箱倒置培养；其他分子生物学实验如酶切等需要25℃，30℃，37℃等条件。
摇床是实验室常用仪器，一般有常温型和低温型两种。对于分子生物学实验室，如果能配置低温型摇床，就可以适应不同的实验需求。例如：用于大肠杆菌，酵母菌等生物工程菌种的振荡培养及蛋白的诱导表达，培养通常为28度和37度，诱导表达需要20-37度；在感受态的制备过程中，需要有18度的温度控制；用于蛋白凝胶的染色脱色时振荡，常温使用；用于大肠杆菌常规转化时振荡复苏，常为37度。对于控制温度低于室温时，我们需要低温型摇床来控温。
水浴锅也是一种控温装置，用于保温并进行各类实验。
例如，25-100℃水浴摇床可用于分子杂交试验，各种生物化学酶反应等试验的保温。 含低温的水浴槽可以用于分子生物学的质粒与基因片段的连接等实验及用于42度的大肠杆菌感受态的热激。
分子生物学所用到的大部分实验用具都应严格消毒灭菌。包括实验物品、试剂、培养基等。灭菌锅也有不同大小型号，手动的的或全自动的区别。用户需要根据自己的需要选购。
烘箱是用于灭菌和洗涤后的实验器皿烘干。烘箱有不同的控温范围，用户可以根据实验需求进行选择。例如，有些塑料用具只能在42-45℃的烤箱中进行烘干；用于RNA方面的实验用具，需要在250℃烤箱中烘干。
纯水装置包括蒸馏水器和纯水机。蒸馏水器的价格便宜，但在造水过程中需要有人值守；纯水机价格高些，但是使用方便，用自来水、蒸馏水、离子交换水、反渗透纯水做为供水，产生供不同级别实验使用的纯水。例如用于PCR、PCR氨基酸分析、DNA测序、酶反应、组织和细胞培养等均需要超纯水，而一般实验用水要纯水即可。
分子实验室中用于制造大多数核酸、蛋白质的实验操作所需的低温环境，以减少核酸酶或蛋白质酶的水解。感受态制备也需要长时间冰浴。 实验室常用的是雪花制冰机，制冰机一般是按每日制冰量分成不同型号。
在配置试剂过程中，有些试剂较难溶解，这时需要借助磁力搅拌器。磁力搅拌器可以加速溶解固体内容物。磁力搅拌器一般带加热功能（相关仪器：数显加热型7寸方盘磁力搅拌器套装）。
离心机有冷冻和常温之分。主要用于制备和收集微生物菌体、细胞碎片、大的细胞器以及其他沉淀物。有些样品由于在常温下不太稳定的，需要低温环境。例如在感受态制备过程中必须保证低温环境，所以需要冷冻离心机。
