一、基本原理为流动相(缓冲溶液)推动氨基酸混合物流经装有阳离子交换树脂的色谱柱，各氨基酸与树脂中的交换基团进行离子交换，当用不同的pH缓冲溶液进行洗脱时因交换能力的不同而将氨基酸混合物分离，分离出的单个氨基酸组分与茚三酮试剂反应，生成紫色化合物或黄色化合物，用可见光检测器检测其在570nm、440nm的吸光度。
二、特点：用于测定蛋白质、肽及其他药物制剂的氨基酸组成或含量的方法。进行氨基酸分析前，必须将蛋白质及肽水解成单个氨基酸。它是基于阳离子交换柱分离、柱后茚三酮衍生、光度法测定的离子交换色谱仪。氨基酸分析仪由色谱柱、自动进样器、检测器、数据记录和处理系统组成。
三、作用过程：通常细分为两种系统：蛋白水解分析系统(钠盐系统)和游离氨基酸分析系统(锂盐系统)，利用不同浓度和pH值的柠檬酸钠或柠檬酸锂进行梯度洗脱。其中钠盐系统一次最多分析约25种氨基酸，速度较快，基线平直度好；锂盐系统一次最多分析约50种氨基酸，速度较慢，基线一般不如钠盐系统好。
四、分析效果：从目前已知的氨基酸分析方法比较来看，除灵敏度(低检测限)比HPLC柱前衍生方法稍低以外(HPLC：<0.5pmol；氨基酸分析仪：<10pmol)，其他如分离度、重现性、操作简便性、运行成本等方面，都优于其他分析方法。
