荧光染料是指吸收一定波长的光波并发射大于光吸收的另一波长的光波的物质。它们大多是含有苯环或杂环并具有共轭双键的化合物。荧光染料可以单独使用，也可以组合成复合荧光染料。
荧光染料常用于制备荧光染料产品，以及增白洗涤剂中的增白剂、用于指示信号的各种道路标线涂料、荧光标记服装等。
荧光染料的其他用途包括泄漏污水系统、水和工业污染物、连接系统、测量发电厂排放的液体、厕所泄漏、监控非法下水道连接、研究流量和绘制地图。此外，还用于纺织印染、一些特殊标志和军事跟踪等。
由于其灵敏度高、操作方便，已逐渐取代放射性同位素作为检测标记，广泛应用于荧光免疫、荧光探针、细胞染色等领域。包括特异性DNA染色、染色体分析、细胞周期、细胞凋亡等相关检测研究。此外，许多核酸染料在多色染色系统中是非常有用的染色剂。
荧光标记单克隆抗体技术拓展了流式细胞术在细胞膜及细胞内各种功能抗原、肿瘤基因蛋白等领域研究的无限应用空间。荧光探针可以通过蛋白质交联剂与单克隆抗体共价结合。免疫荧光标记常用的染料有异硫氰酸荧光素、FITC、藻红蛋白等。
核酸荧光染料对细胞核进行染色，定量测量细胞发出的荧光强度，从而测定细胞核中DNA和RNA的含量，可以分析细胞周期和细胞生长情况。有很多种荧光染料可以对细胞中的 DNA 或 RNA 进行染色。常用的DNA染料包括PI、DAPI和Hoechst 33342； RNA染料包括噻唑橙和吖啶橙。
荧光染料是细胞生物学等科学研究中重要工具，而滤光立方体是荧光显微镜中的重要组成部分。那么一般荧光染料的亮度对比如何呢？
荧光染料的亮度可以用来比较不同荧光染料的荧光标记效果，用阴性和阳性细胞群的荧光信号之间的关系来表示。但阴性细胞群的荧光信号与仪器的信号强度、自发荧光、非特异性染色、电子噪声等多种因素有关。
荧光染料染色指数为阳性细胞群平均荧光强度与阴性细胞群平均荧光强度之差与阴性细胞群荧光强度标准差之比的一半。荧光染料染色系数仅与抗体克隆和质量有关，荧光团的纯度与质量、荧光修饰比例、激光线及其功率、长通和带通滤光片、靶细胞等因素有关.（您可能想购买荧光染料并获取荧光团列表）
荧光染料的染色指数与荧光染料的亮度呈正相关，即染料的亮度越高，染色系数越高。
