傅里叶红外光谱仪的产生是一次革命性的飞跃。与传统的分光光谱仪相比，傅里叶红外光谱仪具有以下优势：
扫描速度快傅里叶变换红外光谱仪的扫描速度比色散型仪器快数百倍，而且在任何测量时间内都能获得辐射源的所有频率的全部信息,即所谓的“多路传输”。扫描速度的快慢主要由动镜的移动速度决定的，动镜移动一次即可采集所有信息。这一优点使它特别适合与气相色谱、高压液相色谱仪器联机使用，也可用于快速化学反应过程的跟踪及化学反应动力学的研究等等。对于稳定的样品,在一次测量中一般采用多次扫描、累加求平均法得到干涉图，这就改善了信噪比。在相同的总测量时间和相同的分辨率条件下，FTIR的信噪比比色散型的要提高数十倍以上。这也是快速扫描带来的优点。
具有很高的分辨率是红外光谱仪的主要性能指标之一，是指光谱仪对两个靠得很近的谱线的辨别能力。一般棱镜式红外分光光度计的分辨率在1000cm-1处为3cm-1。光栅式仪器在1000cm-1处可达0.2cm-1，而傅里叶变换红外光谱仪在整个光谱范围内可达0.1cm-1~0.005cm-1。它的分辨率与仪器的光程差有关，光程差越大，仪器的分辨率越高，即动镜扫描的距离越长，分辨率越高，但扫描时间也随之增加。利用其高分辨率的特性，可以研究因振动和转动吸收带重叠而导致的气体混合物的复杂光谱。在一般材料分析中，不需要高分辨率。相应地，FTIR光谱仪均有多档分辨率供用户据实际需要随用随选。
波数精度高是红外定性分析的关键参数，因此仪器的波数精度非常重要。因为干涉仪的动镜可以被很精确地驱动，所以干涉图的变化很准确，同时动镜的移动距离是由He-Ne激光器的干涉条纹来测量的，从而保证了所测的光程差很准确。而现代He-Ne激光器的频率稳定度和强度稳定度都是非常高的，频率稳定度优于5*10-10，因此在计算的光谱中有很高的波数精度和准确度,通常可达到0.01cm-1。
灵敏度色散型红外分光光度计大部分的光源能量都损失在入口狭缝的刀口上，而傅里叶变换红外仪没有狭缝的限制，辐射通量只与干涉仪的平面镜大小有关，在同样的分辨率下，其辐射通量比色散型仪器大得多，从而使检测器接受的信噪比增大，因此具有很高的灵敏度，可达10-9~10-12g。由于此优点，使傅里叶变换红外光谱仪特别适合测量弱信号光谱。例如遥测大气污染物车辆、火箭尾气及烟道气等和水污染物例如水面油污染等。此外，在研究催化剂表面的化学吸附也具有很大潜力。
