蛋白Marker是蛋白分子量标准，是一些已知分子量的蛋白质的混合物，像“尺子”一样用来指示蛋白质条带的大小。那么如何区分非预染蛋白Marker和预染蛋白Marker呢？让我们一起来看看吧！
非预染蛋白Marker：
是几种已知分子量并纯化好的蛋白质预混液，方便不同大小的蛋白比较。非预染的Marker使用上不如预染Marker好用，因为电泳过程中完quan看不到，电泳结束后经过蛋白染色后才能起指示作用，无法在实验过程中起预示参照作用，属于“后知后觉”型的。但是由于蛋白没有附带染料分子或者是标记分子，所示大小正好是蛋白原本的大小，所以比较准确，可以精确判断蛋白大小。
预混的Marker通常有几条带加倍浓度作为指示，因为混合的条带越多，越不好记，谁知道哪条是那条！数到眼都花了。所以当看到特别浓的那几条标志带就记得是哪里了。不过要记得，小带通常都不那么容易看清楚的。在选择上来说，当然是选择其中至少有一条条带和自己的目的蛋白大小相近的最好，越近越好。
预染蛋白Marker是纯化好的一些蛋白，通过与染料共价耦联后混合在一起，在电泳过程中或者转膜时可以直接观察到。
预染蛋白Marker：
预染蛋白Marker的出现方便了我们的实验，这种蛋白分子量标准可以帮助我们在电泳时、电泳后，以及转膜后监测电泳情况和估计迁移率——比如，已知垂直电泳最佳分辨区域大约在胶的2/3处，如果使用预染Marker就可以预测目标蛋白进入最佳分辨区时停止电泳以得到最佳分辨效果；如果观察到Marker电泳异常也可以及时终止电泳；另外在Western Blot转膜以后可以直接观察蛋白转膜是否完quan，还可以在膜上标记蛋白分子量，所以吸引了许多实验室人员购买预染蛋白标准。
值得注意的是，预染蛋白Marker与染料共价耦联，所以在不同的缓冲条件下电泳时迁移特性可能会发生某些变化，可能导致一些偏差，所以不太适合精确定位蛋白——不过多数情况下Marker的条带未必能和我们的目标蛋白完quan一样，我们得到的也不过是一种相对Marker指示的参考大小，最后都需要Western来定性，所以如果不是要区分大小相近的条带，预染Marker还是很好用的，而且也可以和未染色的蛋白标准一起使用。
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