生化分析实验中需要用纯水作为生化反应的载体、介质、和样品的稀释液，纯水水质的好坏将直接影响到其检测结果的好坏和可信度。这是因为不合格的含有大量的杂质，水中的杂质主要有：
1、电解质，常见的有H+，Na+，K+，NH4+，Mg2+，Ca2+，Fe3+，Cu2+，Mn2+，Zn2+，A13+等阳离子和F-，Cl-，NO3-。HCO3-，SO4(2-)，PO4(3-)，H2P04-，HSiO3-等阴离子；
2、有机物质，如有机酸、农药、烃类、醇类和酯类等；
3、颗粒物；
4、微生物；
5、溶解气体(N2，02，C12，H2S，CO，C02，CH4等)；
6、其它。
水中不同杂质成分对生化分析仅及检测结果的影响：
电解质
1、电解质中含有的阳离子、阴离子等多种离子会对血清产生影响，会让血清中的离子含量升高，让血清检测结果中的各种项目产生影响；
2、电解质中含大量的酶的辅因子，当金属离子含量较高时往往会导致酶活性的检测超标，比如Mg2+多种磷酸化激酶的激活剂，纯水中的含量超标会导致这些酶活性测定值升高，另外，许多重金属离子对酶还有抑制效果，就会导致实验时酶活性下降；
3、电解质含量较高的水非常容易形成结晶现象，导致蛋白等有机物变性的附着在管道系统，从而使得生化分析仪的管理易于堵塞，长时间下去会让生化仪无法正常实验，损坏生化仪，另外对于反应杯的清洗也造成了困扰，会让反应杯更加容易老化和损坏。
有机物质
有机物质的影响主要在于对类似物质测定时导致类似物质测定结果的升高。同时，有机物含量升高也会加速管道系统和反应杯的清洗困难及老化。
颗粒物的影响
颗粒物一般很难通过纯水系统进入生化分析仪管道和反应系统，其来源一般都是三级纯水或一级纯水的储水箱发生二次污染，但是一旦进入除了会导致吸光度升高外，还很容易堵塞管道和损坏反应杯。
微生物的影响
微生物的去除主要依赖反渗透膜和紫外杀菌系统，纯水系统还在纯水箱或超纯水处加装紫外杀菌或者微滤、超滤等装置，迸-步除去水中残余的细菌、微粒、热源等。因为微生物及其产物就能进入生化分析仪管道系统和反应系统，可能出现的情况有两种：
①微生物在管道及反应系统孽生，导致管道堵塞，同时令吸光度和杯空白升高；
②微生物产生特定的酶对生化分析仪酶测定产生影响，具体产生什么影响取决于污染菌的类型。
溶解气体
溶解气体增多产生的影响有：
①对同种气体的测定的影响；
②对水的pH值也产生影响，如CO2，Cl2，H2S等溶解增多导致水pH值的下降，也对pH值依赖性较强的生化项目测定产生影响；
③某些气体如Clz增多，因其自身氧化性较强，会对与氧化还原反应相关的生化测定项目产生影响，如对基于340nm处NADH和NADPH有吸收峰而建立的ALT，AST，BUN等的测定方法，会导致测定值的升高。
其它杂质的影响
有些纯水系统也将最终生成的超纯水或一级纯水储存于水箱中，当水箱有生锈情况时导致铁测定不正常；还有当机械装置密封不严造成的漏油时导致TG测定结果升高。这些情况虽然少见，但也最容易被忽视。
