制备液相色谱仪首先，它可以快速分离和纯化各种化学成分，尤其是对于复杂的多组分样品，制备液相色谱仪可以提供更高效、更快速的分离纯化方法。其次，制备液相色谱仪可以制备高纯度的样品。由于其分离原理是基于色谱的物理化学效应，因此可以在不改变样品化学结构的前提下，对样品中的各种化学成分进行有效的分离和纯化，这对于许多科学研究和工业生产都非常重要。
此外，制备液相色谱仪的仪器和操作相对简单，且易于自动化操作，可以大大降低操作难度和劳动强度。
制备液相色谱仪的应用主要包括两个方面：
天然药物化学和中药化学领域：这是目前广泛的使用方法，主要是为了从植物中提取和纯化微量有效成分。几乎每个天然药化的实验室都有制备液相色谱仪。
蛋白纯化：虽然蛋白纯化的起步相对较晚，但发展迅速。与传统的纯化方法（如蒸馏、萃取）相比，制备液相色谱是一种更有效的分离方法，因此在样品和产品的提取和纯化上被广泛应用。
随着合成、植化、生化和制药等领域对高纯度组份需求的不断增加，制备型液相色谱仪应用的领域也在迅速扩大和发展。
