PCR反应的特点是具有较大扩增能力与灵敏性，但令人头痛的问题是易污染，极其微量的污染即可造成假阳性的产生。那么你知道PCR反应污染的处理方法有哪些吗？让我们一起来看看吧！
一、环境污染
1. 稀酸处理法：对可疑器具用1mol/L盐酸擦拭或浸泡，使残余DNA脱嘌呤。
2. 紫外照射（UV）法：紫外波长（nm）一般选择254/300nm,照射30min即可。需要注意的是，选择UV作为消除残留PCR产物污染时，要考虑PCR产物的长度与产物序列中碱基的分布，UV照射仅对500bp以上长片段有效，对短片段效果不大。UV照射时，PCR产物中嘧啶碱基会形成二聚体，这些二聚体可使延伸终止，但并不是DNA链中所有嘧啶均能形成二聚体，且UV照射还可使二聚体断裂。形成二聚体的程度取决于UV波长，嘧啶二聚体的类型及与二聚体位点相邻核苷酸的序列。
二、反应液污染
1. DNaseI法：PCR混合液（未加模板和Taq聚合酶）加入0.5UDNaseI,室温反应30min后加热灭活，然后加入模板和Taq聚合酶进行正常PCR扩增。该方法的优点是不需要知道污染DNA的序列。
2. 内切酶法：选择识别4个碱基的内切酶（如MspI和TaqI等），可同时选择几种，以克服用一种酶只能识别特定序列的缺陷，室温作用1h后加热灭活进行PCR。
3. 紫外照射法：未加模板和Taq聚合酶的PCR混合液进行紫外照射，注意事项与方法同上述UV照射法。
4. g射线辐射法：1.5kGy的辐射可wan全破坏0.1ng基因组DNA,2.0kGy可破坏104拷贝的质粒分子，4.0kGy仍不影响PCR,但高于此限度会使PCR扩增效率下降。引物可受照射而不影响PCR,g射线是通过水的离子化产生自由基来破坏DNA的。
三、固相捕获法
用于去除标本中污染的核酸和杂质，原理如下：
1. 用生物素标记的单链RNA探针与待扩核酸杂交，杂交区域是非扩增区。
2. 用包被链霉亲和素的固相载体来捕获带有生物素探针的杂交核酸，通过漂洗可去除污染的扩增产物和杂质。
3. 洗脱靶分子后用特异引物扩增非RNA探针杂交区域。第2步的漂洗后可用PCR检测以确定标本是否被扩增产物或重组质粒污染。
四、抗污染引物法
该对引物扩增时通过病毒DNA克隆如入质粒的位点。这一区域只存在完整的原病毒中，在重组质粒中，这一区域分成两个区域与克隆位点被。如果重组质粒污染了标本，也不能扩增出任何条带，即使出现了扩增带，其大小也与预期的不同。只有原病毒DNA才能被引物扩增，因此只要出现预期大小的扩增带就可以证明标本是阳性的，该法试用于环状靶分子系列。
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