水体中的氨氮是指以氨(NH3)或铵(NH4+)离子形式存在的化合氨。氨氮是各种形态的氮中危害影响最大的一种，是水体受到污染的标志，其对水生态环境的危害表现在多个方面。就像有机物污染的标志——COD一样，氨氮也是水体中的主要耗氧污染物，氨氮氧化分解消耗水中的溶解氧，使得水体发黑发臭。
氨氮的危害主要表现在对水生生物的毒害作用上。氨氮中的非离子氨是引起水生生物毒害的主要因子，对水生生物具有较大的毒害，其毒性比铵盐大几十倍。在充足的氧气条件下，氨氮可被微生物氧化为亚硝酸盐氮，进而分解为硝酸盐氮，亚硝酸盐氮与蛋白质结合生成亚硝胺，这是一种具有致癌和致畸作用的物质。
同时，氨氮还是水体中的一种营养素，可以为藻类等水生生物的生长提供营养源，从而增加水体富营养化现象的发生几率。然而，过量的氨氮也可能导致水体的富营养化现象加剧，从而引发一系列的环境问题。
在自然地表水和地下水中，氨氮主要以硝酸盐氮(NO3)为主，但在受污染的水体中，游离氨(NH3)和铵离子(NH4+)形式的氮会大量存在，这种形式的氨氮被称为水合氨或非离子氨。非离子氨是引起水生生物毒害的主要因子，而铵离子相对基本无毒。因此，对于标准Ⅲ类地面水，非离子氨的浓度应控制在≤0.02毫克/升以内。
氨氮是水体中的一种营养素，它可以导致水体富营养化现象的产生，同时也是水体中的主要耗氧污染物。对于鱼类及某些水生生物来说，氨氮具有毒害作用。氨氮的主要来源包括人和动物的排泄物、生活污水以及农用化肥的流失等。此外，化工、冶金、石油化工、油漆颜料、煤气、炼焦、鞣革、化肥等工业废水中也含有大量的氨氮。
在水环境中，氨氮可以在一定条件下转化为亚硝酸盐。如果长期饮用含有亚硝酸盐的水，水中的亚硝酸盐将与蛋白质结合形成亚硝胺，这是一种强致癌物质，对人体健康极为不利。
氨氮对水生物的危害作用主要表现在急性和慢性两种情况上。慢性氨氮中毒危害包括：摄食降低、生长减慢、组织损伤以及降低氧在组织间的输送。鱼类对水中氨氮比较敏感，当氨氮含量过高时会导致鱼类死亡。急性氨氮中毒危害表现为：水生生物表现亢奋、在水中丧失平衡、抽搐，严重者会导致死亡。
