“灭菌”指的是用化学或物理的方法杀灭或除去物料及设备中所有的有生命物质的技术或工艺流程灭菌实质上可分杀菌和溶菌两种，前者指菌体虽死，但形体尚存，后者则指菌体杀死后，其细胞发生溶化、消失的现象。
常用的灭菌技术一般分为：物理灭菌和化学灭菌。物理灭菌又包括湿热灭菌、干热灭菌、射线灭菌法和过滤灭菌等。而化学灭菌主要是使用化学试剂(如甲醛、苯酚、新洁尔灭、过氧乙酸、高锰酸钾等)进行某些容器或物料以及无菌区域的灭菌。
在生物发酵方面，常用的设备是机械搅拌式发酵，其杀菌效果的好坏直接影响到发酵是否能正常进行。
