从提取原理上来看，有离心柱法、磁珠法；离心柱法全自动核酸提取仪采用离心机和自动移液装置想结合的方法，通量一般在1-12个样本，时间上和手工提取差不多，并不能提高效率，价格也不便宜，耗材还不通用，适合钱多的实验室使用。
磁珠法自动核酸提取仪又分为磁棒法和抽吸法，先说抽吸法，顾名思义，抽吸法就是通过自动移液装置来进行，通过自动移液装置来加入裂解液、磁珠吸附；抽走裂解液，加入漂洗液，磁珠吸附，抽走漂洗液，加入洗脱缓冲液。从步骤上好像没什么问题，但是抽吸法最大的问题在于，为了在去除废液的时候不抽走磁珠，移液器不能靠磁珠太近，以防磁珠连同废液被抽掉，这样每一次抽废液的时候总有一小部分不能彻-底的抽走，特别是磁铁在底部的装置，因为磁珠被磁铁吸附在底部，所以移液器不能靠底部太近，这样漂洗液就不能完-全去除，残留的漂洗液中的盐和乙醇会影响后面的洗脱效率和PCR成功率；磁铁在侧面的装置残留的液体会少些，但是洗脱的效率也不好，依靠DNA自行溶解到洗脱缓冲液中，除非等上半小时以上，所以有些96自动核酸提取工作站，提取一轮的时间需要150分钟，32磁棒法的同样的时间可以提5轮了。
再说磁棒法核酸提取仪，通量通常有8、16、32、96通道，相对于抽吸法，磁棒法的优点是每一步的液体不残留，因为磁棒只带走磁珠，转移到下一个步骤相应的反应孔中，另外选择磁棒法的提取仪器最好要功能更齐全的，比如可以加热，每个加热槽最好独立温控，这样可以设置加热、裂解、洗脱的不同温度，另外很重要的一点是，带动磁棒的电机要能带动磁棒进行液体的快速混匀和搅拌，这样才有利于自动化和有助于裂解和漂洗。磁棒法的通量选择最好是32通道，96通道的看似通量更高，但是有个很现实的问题，96个磁力棒在从一个板转移至另外一个板的时候，磁力棒上面的液体中途滴下来怎么办，它会滴到别的孔中造成污染，而32通道的磁力棒运行轨迹不经过其他样本的上空，这样不会交叉污染。
