边缘效应(Edge Effect)是指在利用96孔（或更多）培养板进行细胞培养时，处在周边及四个角孔中的细胞通常会表现出异常的现象。
产生边缘效应的原因
1. 温度：聚苯乙烯本身为不良热导体，将板从室温（25℃左右）置于37℃的温箱，随着孔板升温，在外周孔与中心孔之间可能存在热力学梯度。
2. 蒸发：在培养箱经常开关的情况下，由于位置效应，边缘孔的湿度较中间孔更低，水分挥发的现象就更为严重。容易造成四周培养基的体积会明显少于中间孔，而四个角落则更甚。对于长时间周期的研究来说，这是一个不容忽视的问题——随着培养基的蒸发，孔内的培养基成分和药物浓度将增加，这可能导致孔内沉淀的出现。孔与孔之间的营养物浓度、pH值也会影响基因和蛋白质的表达，以及最终的细胞生长发生变化。随之而来的Western、PCR/qPCR、ELISA和其他应用也就越不一致。
不推荐的应对办法
1. 留空：许多研究人员会通过避免使用边缘孔来提高数据可重复性，比如使用96孔板，外围的36个孔将被弃用（板的37.5%被浪费）。因此，实验组须分布在多块培养板上以达到足够的通量，增加了工作量和成本，同时也降低了实验中培养板布局的灵活性。
2. 填充：PBS溶液、水或培养基填充外孔将有助于板的水合，限制蒸发，但这可能会成为细菌的滋生地。
3. 平铺：当堆叠起来的时候，处于顶部和底部的孔板将比中间的更快达到37℃，造成温度梯度。但大多数培养箱被不止一个研究人员使用且空间有限，如果其他人选择堆放，仍然会阻碍空气流向你的样品，影响温度。
防止边缘效应的建议
1. 尽量缩短试验周期，从而减少液体在孔中储存的时间，减少蒸发。
2. 使用低蒸发盖带冷凝环的盖子。
3. 使用透明或铝箔密封胶带进行生化测定，或使用透气的无菌胶带进行细胞测定。
