荧光显微镜是免疫荧光细胞化学的基本工具。是由光源、滤板系统和光学系统等主要部件组成。荧光显微镜利用一定波长的光激发标本发射荧光，通过物镜和目镜系统放大以观察标本的荧光图像。细胞中有些物质，如叶绿素等，受紫外线照射后可发荧光；另有一些物质本身虽不能发荧光，但如果用荧光染料或荧光抗体染色后，经紫外线照射亦可发荧光，荧光显微镜就是对这类物质进行定性和定量研究的工具之一。
荧光显微镜广泛用于生物、医疗、矿物、材料科学等领域。
1、在生物学领域，荧光显微镜借助荧光染料标记，可准确而详细地识别细胞和亚微观细胞成分和活动。
2、在医疗领域，荧光显微镜可借助荧光试剂，来检测细菌、病毒的存在和分布，或对外科目标进行辅助标记方便手术进行。
3、在矿物学领域，荧光显微镜常用于研究有自发荧光特性的物质，如沥青、石油、煤炭、氧化石墨烯等矿物。
4、在材料科学，荧光显微镜可用于纺织工业或造纸业来分析基于纤维的材料，包括纺织品和纸张
5、在半导体领域，荧光显微镜也可用来观测具有荧光特性的材料如磁珠等。
