色谱柱是色谱分析过程中最重要的部分，相当于人体的“心脏”。根据自己要分析的样品去选择合适的液相色谱柱，需要考虑不同参数将会造成什么影响，比如粒径、酸碱性、极性和分子量大小等。
只有了解影响分析柱性能的因素，才能结合目标分析物的性质、需要达到的分析效果及实验室条件来选择适合的色谱柱。
一、硅胶基质填料
1、正相色谱 正相色谱用的固定相通常为硅胶(Silica)以及其它具有极性官能团，如胺基和氰基的键合相填料。由于硅胶表面的硅羟基或其它极性基团极性较强，因此，分离的次序是依据样品中各组分的极性大小，即极性较弱的组份zui先被冲洗出色谱柱。正相色谱使用的流动相极性相对比固定相低，如正己烷，氯仿，二氯甲烷等。
2、反向色谱 反向色谱用的填料常是以硅胶为基质，表面键合有极性相对较弱官能团的键合相。反向色谱所使用的流动相极性较强，通常为水、缓冲液与甲醇、乙腈等的混合物。样品流出色谱柱的顺序是极性较强的组分zui先被冲洗出，而极性较弱的组分在色谱柱上有更强的保留。常用的反向填料有C18、C8、C4等。
二、聚合物填料 聚合物填料多为聚苯乙烯-二乙烯基苯或聚甲基丙烯酸脂等，其重要优点是在PH值为1-14均可使用。相对于硅胶基质的C18填料，这类填料具有更强的疏水性;大孔的聚合物对蛋白质等样品的分离非常有效。现有的聚合特填料的缺点是相对硅胶基质填料，色谱柱柱效较低。
三、其它无机填料 其它HPLC的无机填料色谱柱也已经商品化，由于其特殊的性质，一般于特殊的用途。如石墨化碳黑正逐渐成为反向色谱柱填料。这种填料的分离不同于硅胶基质烷基键合相，石墨化碳的表面即是保留的基础，不再需其它的表面改性。该柱填料一般比烷基键合相硅胶或多孔聚合物填料的保留能力更强。石墨化碳可用于分离某些几何异构体，由于在HPLC流动相中不会被溶解，这类柱可在任何PH与温度下使用。氧化铝也可以用于HPLC。氧化铝微粒刚性强，可制成稳定的色谱柱柱床，其优点是可以在PH高达12的流动相中使用。但由于氧化铝与碱性化合物的作用也很强，应用范围受到一定限制，所以未能广泛应用。新型色谱氧化锆基质填料也可用于HPLC。商品化的只有聚全物涂层的多孔氧化锆微球色谱柱，应用PH1-14，温度可达100℃。由于氧化锆填料是zui近几年才开始研究，加之面临的实验难度，其重要用途与优势尚在进行之中。
柱效提高意味着在相同条件下可以选用更短的色谱柱，即相同的塔板数或分离能力，但是柱长更短，以缩短分析时间。另外，可以彩用低粘度的溶剂做流动相或增加色谱柱的使用温度，比如用乙腈代替甲醇，以降低色谱柱的压力。
