细胞计数仪的工作原理基于图像分析、电子计数、流式细胞仪计数等方法，其准确性和可靠性得到了临床试验的验证。
细胞计数仪可以通过图像分析系统直接识别死细胞和活细胞，无需台盼蓝染色，从而避免对细胞的损伤。这种技术基于非染色图像分析系统，通过特定的算法和光学系统，能够准确地识别细胞并对其进行分类。
另外，电子计数法也是细胞计数仪的一种工作原理。这种方法利用电极探测细胞的大小和形状，然后通过电路转化为数字信号进行计数。电子计数法的优点是速度快、精度高，可以同时对多个参数进行测量。
流式细胞仪计数法则是利用光散射原理对细胞进行快速检测和计数。将待测细胞经特异性荧光染料染色后放入样品管中，在气体的压力下进入充满鞘液的流动室。在鞘液的约束下细胞排成单列由流动室的喷嘴喷出，形成细胞柱。经过激光照射后，细胞产生散射光和激发荧光，这两种信号被光电倍增管接收并转换为电信号。通过测量电信号的强度和持续时间，可以确定细胞的大小、形状、内部结构等信息，从而进行细胞计数和分类。
此外，还有利用牛奶体细胞计数的原理，将牛奶样品经表面活性剂处理后，奶样中体细胞的细胞膜和核膜被破坏，细胞核DNA大量释放，同时运用超声波检测系统对经过表面活性剂处理后的牛奶进行检测，记录超声参量与体细胞数的关系，从而得出黏度变化与体细胞数的关系，从而可以通过测定黏度来测定体细胞数。
总之，细胞计数仪的工作原理基于多种技术手段，能够快速、准确地检测样品中的细胞数量、大小、形态等信息，为科学研究、临床诊断、生物工程等领域提供了重要的工具。
