1、结构上：两箱式冷热冲击箱只有高温区和低温区，而三箱式冷热冲击箱多了一个测试区。
2、测试过程上：两箱式冷热冲击箱它的“测试区”是一个吊篮，装载测试样品在高温区和低温区之间移动，转换时间只有10秒，能更好的模拟瞬时的温度转换冲击，吊篮转换到一个温区后，因转换前吊篮带有另一温区的能量。所以控制系统会启动加热或制冷来增加热量或者冷量的补充让温度稳定。
三箱式冷热冲击箱的样品放在测试区，不能移动。要做高温冲击就把高温区与测试区的循环风道打开，其他关闭；要做低温冲击就把低温区与测试区的循环风道打开，其他关闭。刚做完高温冲击，必须经历一段常温冲击，就是要先关闭高温区与测试区的风道门，把测试区的与箱体外的风道打开，一个抽出，一个抽进。温度稳定后，如需做完整的常温冲击，这时就把温度再恒定一段时间。如果不用做完整的常温冲击，这时马上把测试区的与箱体外的风道关闭，接着把低温区跟测试区的风道打开，进行低温冲击。反过来，也是一样。
3、性能上：三箱式冷热冲击箱，高低温冲击间，必有排热气或冷气先到常温的过渡段。样品不用打开箱门就可以做常温冲击。但两箱式的不用经历这个过渡，转换的时间也更快，冲击的温差也可以更大，均匀度也更好，稳定时间也更短。只是因为吊篮不断在冷热环境中转换，整个传动系统也一样经历冷热环境的考验，寿命也比三箱的短。
