高压灭菌器的工作原理基于热力灭菌原理，通过高温高压状态下的水蒸汽及其释放的大量潜热对有细菌的菌体物质进行的灭菌处理。
具体来说，当物品放入高压灭菌器中，密封容器内的压力和温度会迅速升高。在0.1MPa的压力下，锅内温度可以达到121℃。在这个温度下，可以很快杀死各种细菌及高度耐热的芽孢。在这个阶段，灭菌器内部的高温高压环境对微生物起到了破坏作用，使其失去活性。同时，高温高压状态下的水蒸汽与微生物接触，通过凝结成水释放出大量潜热，使温度能够迅速达到灭菌所需的要求，加速了灭菌过程。
另外，当蒸汽凝结成水之后，体积瞬间缩小1000多倍，产生局部负压又可使蒸汽穿透至灭菌物品的深部，这样就加强了蒸汽对被灭菌物品的穿透，使物品的深部也能达到所需的灭菌温度。在达到设定的灭菌时间后，灭菌过程结束，压力和温度逐渐下降。此时，灭菌器内部的压力和温度降低，但仍然保持一定的湿度。这样可以保证灭菌后的物品保持一定的湿度，有利于后续的处理和使用。
总之，高压灭菌器的工作原理是通过高温高压蒸汽进行灭菌。在高温高压状态下，水蒸汽能够穿透物品并释放大量潜热，杀灭其中的微生物。同时，高温高压的环境能够破坏微生物的细胞壁和细胞膜，使其失去活性。正确使用高压灭菌器可以有效地杀灭各种微生物，提高产品质量和生产效率。
