发酵罐灭菌分为空消和实消两部分：
空消：不论是种子罐还是发酵罐，当培养基（或物料）还未进罐前对罐进行预先灭菌，称为空罐灭菌，也称空消。目的是杀死全部微生物尤其是耐热芽孢，空罐灭菌要求温度较高，灭菌时间较长，确保杀死设备中各死角残余杂菌或芽孢
实消：实罐灭菌是将培养基置于发酵罐中用蒸汽加热，到达预定灭菌温度后，维持一定时间，再冷却到发酵温度，然后接种发酵，也称实消或分批灭菌。操作关键点为三路进汽，三路进汽即蒸汽从通风、取样和出料口进入罐内直接加热，直到所要求温度，并维持一定时间
一：影响灭菌的因素：
①pH值。pH值对微生物耐热性影响很大，pH为6.0～8.0时微生物最不易死亡，pH ＜6.0时氢离子易渗透微生物细胞内；
②培养基的颗粒物大小。当培养基中存在较大颗粒物质特别是凝结成团的胶体时，灭菌效果会受到影响；
③培养基成分。油脂、糖类、蛋白质都是传热不良介质，会增加微生物耐热性，使灭菌困难。浓度较高培养基相对需要较高温度和较长时间灭菌。高浓度盐类，色素则减弱微生物耐热性，故较易灭菌。
二：具体灭菌步骤如下：
（1）打开夹套蒸汽阀，利用蒸汽使罐体温度上升至75℃～80℃，打开冷凝水排水阀，排净冷凝水。打开取样口，使少量蒸汽排出。
（2）待罐内温度上升至80℃～90℃，将空气过滤器下的冷凝水阀门打开，然后开启空气管道蒸汽阀，排净冷凝水，排水2～3分钟左右，然后将冷凝水阀门关小，确保有微量冷凝水缓缓流出。
（3）升温时，排气阀门保持开启，且罐内压力不低于0.1Mpa，查看各个管道蒸汽是否通畅，管道内部要保持一定的压力，避免出现灭菌死角。
（4）温度达到121℃时，略微开启接种口，使少量蒸汽排出即可。应经常调节排气阀和进气阀，使罐内压力维持在0.1Mpa左右，持续20分钟。
（5）等待灭菌结束，关闭接种口、补料口、接种排气阀、夹套蒸汽阀、最后关闭进气口下的蒸汽阀（快速关闭，注意管道内的压力），再缓缓开启进空气阀，引进无菌空气，开启空气过滤器下方的冷凝水阀，使空气过滤器降温，待空气过滤器冷却完毕，再关闭此阀门。期间保持罐内压力在0.02Mpa以上。
（6）待温度降至100℃以下，关闭排污阀、开启冷水阀或自来水阀、开启回水阀。使用控制面板，设置自动调节温度37℃。待温度降至40℃时，停罐。
三：灭罐注意事项：
灭菌过程中要坚持下进（进蒸汽），上出（排气）的原则。调整阀门蒸汽大小，按大阀门开小、小阀门开大的原则，从各路进蒸汽管道进蒸汽给料液升温。升温时排气阀应开启，保持流通，避免罐内出现假压力。夹套不能进冷却水，灭菌过程中要保持夹套排气管路不能有冷却水；灭菌恒温过程中接种口和移种管路排气；恒温过程中液面要翻腾，防止假压力。
