多功能农药残留检测仪的原理主要基于酶抑制率法。这种方法利用有机磷和氨基甲酸酯类农药对蔬菜、水果中存在的某些酶（如乙酰胆碱酯酶）产生的抑制作用。在正常生理条件下，这些酶负责分解神经递质乙酰胆碱，维持神经系统功能的稳定。当农产品被这两类农药污染时，其残留成分会阻碍酶的活性，导致酶活性下降。
多功能农药残留检测仪通过准确设计的试剂反应系统和光电传感系统，定量测量酶活性的抑制程度。这种抑制程度与农药的浓度呈正相关，因此可以通过测量抑制率来间接反映样品中农药残留的浓度水平。
在检测过程中，仪器会首先催化神经传导代谢产物（乙酰胆碱）水解，其水解产物与显色剂反应，产生黄色物质。然后，仪器会通过分光光度计测定412nm下吸光度随时间的变化值，计算出抑制率。通过这个抑制率，就可以判断出样品中是否含有有机磷或氨基甲酸酯类农药的残留，并且可以进一步确定农药残留的浓度。
这种多功能农药残留检测仪具有操作简单、检测速度快等优点，因此在农残检测工作中应用广泛，可用于产品质量监督检验、卫生防疫、环境保护、食品安全管理、蔬菜批发市场、蔬菜生产基地、超市、商场、农药残留监测系统等部门的蔬菜和水果中的农药残毒检测。
