根据养殖污水高生化性的特点，生化处理技术越来越多的出现在了养殖污水处理中，生化处理根据其工作原理的不同可以分为：厌氧生化处理、好氧生化处理和自然处理法。
1、厌氧生化处理：
厌氧生物处理技术即为在厌氧状态下，污水中的机物被厌氧细菌分解、代谢、消化，使得污水中的机物含量大幅减少，同时产生沼的一种强效的污水处理方式。在厌氧处理过程中，污水中的机物经大量微生物的共同，被转化为甲烷、二氧化碳、水、硫化氢和氨等。 常用的方法：混合式厌氧消化器（CSTR）、厌氧接触反应器、厌氧滤池（AF）、上流式厌氧污泥床（UASB）、厌氧流化床（AFB）、升流式固体反应器（USR）等。目前养殖场污水处理主要采用的是上流式厌氧污泥床及升流式固体反应器工艺。
2、好氧生化处理：
好氧处理的基本原理是利用微生物在好氧条件下分解机物，同时合成自身细胞(活性污泥)。在好氧处理中，可生物降解的有机物被氧化为简单的无机物。 该方法主要活性污泥法和生物滤池、生物转盘、生物接触氧化、序批式活性污泥法、A/O及氧化沟等。
3、自然处理技术：
自然处理法是利用天然水体、土壤和生物的物理、化学与生物的综合来净化污水。其净化方式主要包括过滤、截留、沉淀、物理和化学吸附、化学分解、生物氧化以及生物的吸收等。其原理涉及生态系统中物种共生、物质循环再生原理、结构与功能协调原则，分层多级截留、储藏、利用和转化营养物质机制等。这类方法投资省、工艺简单、动力消耗少，但净化功能受自然条件的制约。自然处理的主要氧化塘、土壤处理法、人工湿地处理法等。
