浮游动物鉴定计数仪的计数方式主要依赖于仪器内部的特定功能和技术。以下是其主要的计数方式：
显微镜和计数框计数：
使用显微镜和计数框进行计数是浮游动物定量方法的主要手段。
根据不同的浮游动物种类（如原生动物、轮虫、甲壳动物等），会选择不同大小的计数框。
计数时，沉淀样品要充分摇匀，快吸快滴，然后盖上盖玻片进行全片计数。
每个样品通常计数多个片段以确保准确性。
智能鉴定与计数分析：
一些高级的浮游动物鉴定计数仪具备智能鉴定功能，通过人工智能特征提取对比，能按相似度从高到低排列展示相近物种。
它们可以一键搜索、常规搜索或高级搜索，按门、形态特征、子图库进行搜索，以鉴定浮游动物种类。
计数分析功能则采用不同颜色、不同大小的符号标记各种浮游生物，按类点击、自动累积计数。
此外，还可以自动排序优势种、按门（类）排序，并进行优势群落组成百分比分析。
浮游动物鉴定计数仪的计数方式结合了传统的显微镜计数和现代的智能鉴定技术，从而实现了对浮游动物的快速、准确计数和鉴定。
