琼脂糖凝胶电泳实验步骤：
(1)安装电泳管
选择聚含均匀、无气泡、无裂缝、胶面平整并与管壁没有脱离现象的合格凝胶电泳管 插入上电极槽底板的各圆孔中，留1/5在底板上方，保证使电泳管与底板垂直，密封处不 致渗漏。
(2) 加样
可利用上述方法制成样品胶，也可以用如下的一种方法加样。
将样品溶于200mg/ml浓度的蔗糖溶液中，或溶在10%甘油中，然后加在浓缩胶的 表面。
或将熔化的琼脂与样品溶液混合后加在浓缩胶表面。
或用与电泳管内径相近的圆形厚滤纸片，将样品溶液吸收后，紧贴在浓缩胶表面。 如样品是固体，应先溶在浓缩胶缓冲液中，并加入足够量lmol/L的蔗糖溶液，使样 品溶液的比重增大，再加在浓缩胶表面.
必须保证样品溶液具有低电导性，盐浓度不应超过0. 05mol/Lo
目前常用的加样方法是：用稀释5-10倍的浓缩胶缓冲液，使其成lmg/ml的浓 度，再加蔗糖使成浓度，然后在浓缩胶面上有电极缓冲液存在的情况下，用合 适的加样工具如微堇注射器，插入浓缩胶面与上方的电极缓冲液界面处，轻轻地将样品加 在浓缩胶面上.
(3) 加电泳缓冲液
样品加入后，在上下两个电泳槽中灌注电极缓冲液，缓冲液的温度需与电泳温度一 致。加入缓冲液时应小心操作，不能搅动电泳管中的样品溶液，并不使电泳管上下口留有 气泡。缓冲液的用垃随容器的大小而有异。一般情况下电极槽中的缓冲液量能使电泳管 至少有3/5浸入缓冲液为宜。
(4) 加指示染料
对于电泳系统常用的指示染料为0. 001%溴酚蓝，酸性系统常用的是0. 005%甲基绿 或甲烯蓝。用量为每500ml缓冲液加指示染料1mlD 一般加在上电泳槽缓冲液中。
(5) 琼脂糖凝胶电泳
在电泳槽上装配好电极，接通直流电源。碱性系统上电极接负极，酸性系统上电极接正极。
对于直径5〜7mm的凝胶，初2分钟用1mA/管的电流进行电泳，然后逐渐升高到 2〜5mA/管（10分钟）。通常5mm X 65mm的凝胶在20 C时用4mA/管进行电泳,大约需时40分钟。
在电泳过程中，常要求电流保持恒定。此时，电压会有升高。如果电流大而产生过高 的欧姆热，影响某些样品时，可以降低电流而延长电泳时间。
电泳时间的长短与所用电流和凝胶的长度有关。为了节约时间也可以使用天能预制胶。但即使应用同样长度的凝胶，也会因凝胶系统和 样品性质的不同，而使电泳时间有差别。对于一般的 分析工作来说，如指示染料已迁移至距凝胶下端3〜 6mm时,就可停止电泳，切断电源,取出电泳管。电极缓冲液可重复使用若干次，上下电极缓冲 液一般不要混合贮存，也不要将前一次的负极缓冲 液作下一次电泳时的正极缓冲液。因为经电泳后，二 电极的缓冲液组成已有了变化。
有时候，我们需要进行长时间的电泳。例如:DNA的分离有时长达10余小时。为了防 止由于电极反应使缓冲能力耗尽从而引起pH的变化影响分离，1977年美国匹兹堡大学 T.G. Cooper提出用循环缓冲液的办法来保持缓冲能力不致耗尽，以达到缓冲溶液能较 长期使用的目的。
上下两个电泳槽的缓冲溶液水平保持恒定，但又没有建立通路。下槽的缓冲液可靠输 液器一滴一滴地滴入上槽。而当上槽的缓冲液增加时，就会经溢流管滴回到下槽，使上下 两槽的缓冲液水平在电泳过程中始终保持恒定。要注意的是,滴入上槽中的缓冲液，必须 不是线状连续的。
琼脂糖凝胶的取出
电泳结束取出电泳管。然后,用配有细长针头并盛有水的注射器，将针头小心地插入 凝胶和玻璃管壁之间，边插入转动管子同时压进一些水，另一端也作同样处理。然后，将管F套上橡皮管用自来水压力压出凝胶，或用洗耳球压岀凝胶。如果压岀凝胶困难时，注射 器内可装甘油代替水压入凝胶和管壁之间。也可以用一根金属细丝，从凝胶和管壁之间穿 过整个玻璃管，然后，拉紧金属细丝转动玻璃管一周，就能使凝胶脱离管壁，再用洗耳球挤 压，就很容易压出。
也可以将电泳管浸入甲醇中，使凝胶收缩与管壁脱离而取岀，或根据具体条件用别的 办法取出凝胶。但必须注意，无论用何种办法，必须不损伤胶面。特别是浓度低的大孔凝 胶，机械强度差，取岀时应格外小心。
