1. 自动混悬和台盼蓝染色
全自动细胞计数仪的一个显著特点是能够自动完成细胞的吹打混悬和台盼蓝染色。
要拥有这个特点，仪器必须具备下面两个功能。
首先，仪器内部要有步进马达，准确控制细胞样品和台盼蓝等体积混合。
然后，仪器还要可以自动混匀染色，能将细胞样品和台盼蓝进行有效地染色处理。
而这两步操作，对于半自动细胞计数仪而言，还只能通过手动操作来完成。
2.自动管路清洗
全自动细胞计数仪内部有一个流通池，可用于流过的细胞拍照成像，所以就不需要细胞计数板这个耗材。当样品检测结束后，仪器需要自动对流通池进行清洗，并在清洗结束后将管路内液体切换到对细胞友好的磷酸缓冲液，等待下一个样品的检测。
所以，除了对细胞拍照的光路系统和用于数据控制的电子系统外，相比半自动细胞计数仪，全自动细胞计数仪还有一个清洗管路的液路系统，并通过八通阀的切换完成细胞的染色和管路清洗。因此，一般大家看到的全自动细胞计数仪体积会相对大一些。
3. 高通量和不间断检测
全自动细胞计数仪的另一个特点是高通量和不间断检测。待测样品可以先放到转盘或96孔板上，根据软件中设置好的分析条件，仪器会自动按要求分别对这些细胞样品完成计数和活率分析。
以贝克曼库尔特生命科学Vi-CELL BLU全自动细胞计数仪为例，使用转盘一次可以放21个样品，而使用孔板最多可以放96个样品进行分析测试。若使用24位转盘，在检测过程中还可以实现不间断上样测试，即样品测试过程中，还可以放入新的待测样品。所以，在操作便捷性上，全自动细胞计数仪也是优于半自动细胞计数仪。
