很多用户对气相色谱直接进水样存有顾虑，这种疑虑是不无道理的，对于气相色谱，水分的影响主要体现在四个方面:
1. 水的气化膨胀系数很大，进样时容易导致衬管超载，直接影响峰面积重现性；这种情况还会污染衬管上方气路，影响后面的实验；
2. 水的表面能很大, 而大部分的毛细管柱固定相的表明能较低, 导致水的润湿性能很差，严重影响峰形；
3. 很多检测器是怕水的，如 ECD、MSD 和 NPD，大量水蒸汽的进入会导致这些检测器的性能下降，水进样量较大时还容易使 FID 火焰熄灭；
4. 盐类和很多不挥发性物质易溶于水，随水样进入而污染气相系统。
鉴于上述潜在的危害，气相应用应尽量避免采用水做为进样溶剂。如果不得不进水样，请参考下面几点建议：
1. 确保所用的检测器是不怕水的；
2. 选择不怕水的色谱柱，交联键合技术的 WCOT 色谱柱一般不怕水，而非交联键合的色谱柱不建议进水样；PLOT 型色谱柱中，一些固定相（如分子筛、氧化铝）由于强的吸附性不宜进水；而有机多孔聚合物类型的色谱柱（如 PLOT Q 或 U）有良好的耐水性，因此 PLOT 色谱柱能否进水样请具体参照的建议；
3. 建议使用大体积的衬管( ≥ 900μl )和小的进样量( ≤ 0.5ul ) 来避免衬管超载；
4. 初始柱温最好大于等于 100℃；适当加长分析后对柱子的高温烘烤时间，特别是在初始温度不太高的时候；如果初始温度低于 100℃，建议定期以 200℃ 烘烤柱子。
