对基因组进行PCR扩增，扩增产物通过琼脂糖凝胶电泳或PA GE电泳检测，研究DNA 多态性。由于随机引fel较低的复性温下能与基因组DM非特异性的结合，当相邻两个引物间的DNA 小于2000bp时，就能够得到扩增产物。与RFLP相比，RA PD具有很多优点。1不需要了解研究对象基因组的任何序列，只需很少纯度不高的模板，就可以检测出大量的信息。2无需专门设计RA W反应引物，随机设计长度为8-10个碱基的核苷酸序列就可应用。3操作简便，不涉及分子杂交、放射自显影等技术。4需要很少的DNA 样本。5不受环境、发育、数量性状遗传等的影响，能够客观地提示供试材料之间DNA 差别。可以检测出RFLP标志不能检测的重复顺序区。当然RA PD技术有一定的局限性，呈显性遗传标记（极少数共显性）不能有效区分杂合子和纯合子。易受反应条件的影响，某些情况下，重复性较差，可靠性较低，对反应的微小变化十分敏感。如聚合酶的来源，DNA 不同提取方法，Mg2+离子浓度等都需要严格控制_随机扩增多态 DNA randomliamplifipolymorphDNA ,RA PD美国学者William和Welsh于1990年首先提出的该技术是通过分析DNA PCR产物的多态性来推测生物体内基因排布与外在性状表示的规律的技术。RA PD技术是以8-lObp随机寡核苷酸片段作为引物。
因而用一组人为设计的核苷酸作为引物，通过PCR随机扩增可发生物种特异性的DNA 带谱。根据随机引物长度将这种技术分为AP-PCRarbitratiprimePCR,随机扩增DNA 多态性分析(randomamplifipolymorphDNA RA PD一种建立基因组DNA 指纹图谱多态性分析技术。其理论依据是不同的基因组中与随意引物匹配的碱基序列的位点和数目可能不同。引物长度为020个碱基)RA PDrandornamplifipolymorphDNA 引物长度为10个碱基)和DA FDNA ampliffingerprint引物长度为510个碱基)三者获得的DNA 指纹图谱的复杂水平不同，引物越长，获得的指纹图谱越简单。
随机扩增多态性DNA标记（RandomamplificationpolymorphismDNA,简称RAPD标记）多个等位基因同时存在于一个基因座称为遗传多态性（genetic polymorphism）。
遗传多态性一般是建立遗传分子标记来分析的。主要有以下几种方法：限制性片段长度多态性(RFLP)标记：这种多态性是由于限制性内切酶酶切位点或位点间DNA区段发生突变引起的。随机扩增多态性(RAPD)标记：RAPD是通过短的随机引物扩增个体基因组DNA体现多态性 扩增片段长度(AFLP)多态性标记：AFLP是将PCR技术与RFLP结合的一种方法，通过对基因组DNA酶切片段的选择性扩增来检测DNA酶切片段长度的多态性。 微卫星多态性标记(SSRP)：基于PCR技术的DNA标记，多态性是由同一座位上
的串联单元数量的不同而产生的。 单链构象多态性标记(SSCP)单核苷酸多态性标记(SNP)：将被测段与高密度DNA探针(中部单核苷酸替代探针)微阵列杂交，一次性快速显示被测序列的单核苷酸多态性，并通过计算机分析杂交类型，终显示SNP结果。
