上海索宝梯度PCR仪的原理基于PCR反应的温度敏感性。 PCR反应是一种体外扩增DNA的技术，通过不断重复三个步骤(变性、退火和延伸)，可以在短时间内扩增目标DNA序列。 而PCR反应的成功与否，很大程度上取决于反应体系中的温度。 梯度PCR仪通过在反应管中创建温度梯度，使得不同温度下的反应条件同时存在。
一次性PCR扩增可以设置一系列不同的退火温度条件(通常12种温度梯度)的称之为梯度PCR仪。 因为被扩增的不同的DNA片段其适合的退火温度不同，通过设置一系列的梯度退火温度进行扩增，从而一次性PCR扩增就可以筛选出表达量高的适合退火温度进行有效的扩增。
由于传统的普通PCR仪一次只能运行一个特定的退火温度，因此如果要设置不同的退火温度，那么就需要多次运行才能够实现，这一过程需要花费大量的时间。 而梯度PCR仪以此就可以实现多个不同的退火温度，这样可以节约时间，在效率的提升方面就非常明显了，这样既节约时间，也节约成本。 因此从功能和特性上来说，梯度PCR仪的性能是要优于普通PCR仪，而且在不设置梯度的情况下梯度PCR仪也可当做普通的PCR用，非常方便。
可以把一次PCR扩增实验设置成一系列不同的退火温度条件(温度梯度)的实验，这样的仪器就叫梯度PCR仪。 设置梯度的主要原因是因为被扩增的不同DNA片段，其最适退火温度不同，通过设置一系列的梯度退火温度进行扩增，从而一次性PCR反应就可以筛选出表达量最高的最适退火温度，优化实验，进行有效的扩增。 梯度PCR仪主要用于研究未知DNA退火温度的扩增，在节约成本的同时也节约了时间。
